循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)難點是解決氮循環(huán)的問題，要消除氨氮和亞硝/酸氮的影響。傳統(tǒng)的解決方案是在循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)中加入了反硝化反應(yīng)池，但由于反硝化作用需要在嚴格厭氧條件下進行，因此硝化作用反應(yīng)池需要跟反硝化作用反應(yīng)池分開，這就增加了循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)的成本。前循環(huán)水養(yǎng)殖設(shè)備已實現(xiàn)工廠化生產(chǎn)，實現(xiàn)養(yǎng)殖池與養(yǎng)殖凈化設(shè)備的無縫連接。通過一系列的物理過濾、化學(xué)沉淀以及通過微生物的作用去除氨氮、硝氮和亞硝氮再通過殺菌消毒、充氧等操作，水體重新流回到循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)中，實現(xiàn)養(yǎng)殖水的循環(huán)利用。
在水產(chǎn)養(yǎng)殖行業(yè)中，疾病一直是水產(chǎn)養(yǎng)殖戶所*忌憚的情況，養(yǎng)殖產(chǎn)品一旦感染病毒將會造成嚴重的損失，如果感染的是病毒性的疾病，造成的后果是很多養(yǎng)殖戶不能夠承受的。所以水產(chǎn)養(yǎng)殖戶們會花費大量的人力物力去做預(yù)防疾病滋生的措施，但是結(jié)果卻不怎么理想，收效甚微，各種各樣的病毒層出不窮。
20世紀80年代，國外的工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖設(shè)施和技術(shù)開始進入中國，當時各地花巨資共引進了西德和丹麥約30余套循環(huán)水養(yǎng)殖設(shè)施，但由于高昂的投入和運行成本，上述設(shè)施很快便被束之高閣。1988年，中國水產(chǎn)科學(xué)研究院漁業(yè)機械儀器研究所在吸收消化國外技術(shù)的基礎(chǔ)上，設(shè)計了國內(nèi)第壹個生產(chǎn)性的工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖車間。隨著養(yǎng)殖業(yè)和物流的迅速發(fā)展，北方冬季的吃魚問題得到很大改善。隨著北方魚價的大幅下跌，工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的經(jīng)濟性受到了嚴重的質(zhì)疑，加上技術(shù)上的不成熟，工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的發(fā)展進入了低谷。