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聚合酶鏈反應(yīng):嵌套聚合酶鏈反應(yīng):通過(guò)減少DNA非特異性擴(kuò)增的背景,提高DNA擴(kuò)增的特異性。兩組引物用于兩個(gè)連續(xù)的PCR。在個(gè)反應(yīng)中,一對(duì)引物用于產(chǎn)生DNA產(chǎn)物,除了預(yù)期的靶之外,該產(chǎn)物可能仍然由非特異性擴(kuò)增的DN段組成。然后用一組引物將產(chǎn)物用于第二次聚合酶鏈反應(yīng),所述引物的結(jié)合位點(diǎn)完全或部分不同于次反應(yīng)中使用的每個(gè)引物,并且位于其中的3’。嵌套式PCR在特異性擴(kuò)增長(zhǎng)DN段方面通常比傳統(tǒng)PCR更成功,但它需要更詳細(xì)的目標(biāo)序列知識(shí)。重疊延伸聚合酶鏈反應(yīng)或者通過(guò)重疊延伸拼接(SOEing):一種用于將兩個(gè)或多個(gè)含有互補(bǔ)序列的DN段拼接在一起的基因工程技術(shù)。它用于連接含有基因、調(diào)節(jié)序列或突變的DN段;這項(xiàng)技術(shù)可以創(chuàng)造特定的長(zhǎng)DNA構(gòu)建體。它還可以將缺失、插入或點(diǎn)突變引入DNA序列。像所有酶一樣,DNA聚合酶也容易出錯(cuò),這反過(guò)來(lái)會(huì)導(dǎo)致產(chǎn)生的PCR片段發(fā)生突變。南通特殊樣本Real-time PCR服務(wù)
聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng):Taq(水生棲熱菌)聚合酶耐熱DNA聚合酶的很好活性溫度約為75-80°C(167-176°F),盡管該酶通常使用72°C(162°F)的溫度。在該步驟中,DNA聚合酶通過(guò)從反應(yīng)混合物中添加在5’-至-3’方向上與模板互補(bǔ)的游離DNA鏈來(lái)合成與DNA模板鏈互補(bǔ)的新DNA鏈,在新生(伸長(zhǎng))DNA鏈的末端,將dNTPs的5'-磷酸基與3'-羥基縮合。延伸所需的精確時(shí)間取決于所使用的DNA聚合酶和要擴(kuò)增的DNA目標(biāo)區(qū)域的長(zhǎng)度。根據(jù)經(jīng)驗(yàn),在很好溫度下,大多數(shù)DNA聚合酶每分鐘聚合一千個(gè)堿基。在很好條件下(即,如果沒(méi)有限制底物或試劑的限制),在每個(gè)延伸/延伸步驟中,DNA靶序列的數(shù)量加倍。隨著每一個(gè)連續(xù)的循環(huán),原始模板鏈加上所有新產(chǎn)生的鏈成為下一輪延伸的模板鏈,導(dǎo)致特定DNA目標(biāo)區(qū)域的指數(shù)(幾何)擴(kuò)增。珠海實(shí)時(shí)RT-PCR檢測(cè)技術(shù)原理及步驟聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)的模板的取材主要依據(jù)PCR的擴(kuò)增對(duì)象,可以是病原體標(biāo)本如病毒、細(xì)菌、菌類等。
聚合酶鏈反應(yīng)的常見(jiàn)問(wèn)題分析與解決方法:無(wú)擴(kuò)增條帶:酶失活或在反應(yīng)體系中未加入酶。Taq DNA聚合酶因保存或運(yùn)輸不當(dāng)而失活,往往通過(guò)更換新酶或用另一來(lái)源的酶以獲得滿意的結(jié)果。模板含有雜質(zhì)。特別是對(duì)甲醛固定及石蠟包埋的組織常含甲酸,造成DNA脫嘌呤而影響PCR的結(jié)果。變性溫度是否準(zhǔn)確:PCR儀指示溫度與實(shí)際溫度是否相符,過(guò)高酶在前幾個(gè)循環(huán)就迅速失活;過(guò)低則模板變性不徹底。反應(yīng)系統(tǒng)中污染了蛋白酶及核酸酶,應(yīng)在未加Taq酶以前,將反應(yīng)體系95℃加熱5-10 min。引物變質(zhì)失效。人工合成的引物是否正確。是否純化,或因儲(chǔ)存條件不當(dāng)而失活。引物錯(cuò)誤。利用BLAST檢查引物特異性或重新設(shè)計(jì)引物。 DNA凝膠電泳時(shí)加入陽(yáng)性對(duì)照,確保不是DNA凝膠和PCR程序的問(wèn)題。
聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)是一種用于放大擴(kuò)增特定的DN段的分子生物學(xué)技術(shù),它可看作是生物體外的特殊DNA復(fù)制,PCR的很大特點(diǎn)是能將微量的DNA大幅增加。因此,無(wú)論是化石中的古生物、歷史人物的殘骸,還是幾十年前兇殺案中兇手所遺留的毛發(fā)、皮膚或血液,只要能分離出一丁點(diǎn)的DNA,就能用PCR加以放大,進(jìn)行比對(duì)。這也是“微量證據(jù)”的威力之所在。由1983年美國(guó)首先提出設(shè)想,1985年由其發(fā)明了聚合酶鏈反應(yīng),即簡(jiǎn)易DNA擴(kuò)增法,意味著PCR技術(shù)的真正誕生。到2013年,PCR已發(fā)展到第三代技術(shù)。聚合酶鏈反應(yīng)非常敏感,有可能產(chǎn)生數(shù)百萬(wàn)到數(shù)十億份特定產(chǎn)品的拷貝,用于測(cè)序、克隆和分析。
聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)的常見(jiàn)問(wèn)題:靶序列變異:如靶序列發(fā)生突變或缺失,影響引物與模板特異性結(jié)合,或因靶序列某 段缺失使引物與模板失去互補(bǔ)序列,其PCR擴(kuò)增是不會(huì)成功的。假陽(yáng)性:出現(xiàn)的PCR擴(kuò)增條帶與目的靶序列條帶一致,有時(shí)其條帶更整齊,亮度更高。引物設(shè)計(jì)不合適:選擇的擴(kuò)增序列與非目的擴(kuò)增序列有同源性,因而在進(jìn)行PCR擴(kuò)增時(shí),擴(kuò)增出的PCR產(chǎn)物為非目的性的序列。靶序列太短或引物太短,容易出現(xiàn)假陽(yáng)性。需重新設(shè)計(jì)引物。出現(xiàn)片狀拖帶或涂抹帶:PCR擴(kuò)增有時(shí)出現(xiàn)涂抹帶或片狀帶或地毯樣帶。其原因往往由于酶量過(guò)多或酶的質(zhì)量差,dNTP濃度過(guò)高,Mg2+濃度過(guò)高,退火溫度過(guò)低,循環(huán)次數(shù)過(guò)多引起。其對(duì)策有:減少酶量,或調(diào)換另一來(lái)源的酶。②減少dNTP的濃度。適當(dāng)降低Mg2+濃 度。增加模板量,減少循環(huán)次數(shù)。聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)可看作是生物體外的特殊DNA復(fù)制。連云港細(xì)胞RT-PCR檢測(cè)技術(shù)應(yīng)用
聚合酶鏈反應(yīng)應(yīng)經(jīng)常使用帶有一次性柱塞和超長(zhǎng)移液器吸頭的移液器。南通特殊樣本Real-time PCR服務(wù)
聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)的試驗(yàn)污染:PCR擴(kuò)增產(chǎn)物污染:這是PCR反應(yīng)中很主要很常見(jiàn)的污染問(wèn)題。因?yàn)镻CR產(chǎn)物拷貝量大(一般為1013拷貝/ml),遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于PCR檢測(cè)數(shù)個(gè)拷貝的極限,所以極微量的PCR產(chǎn)物污染,就可形成假陽(yáng)性。還有一種容易忽視,很可能造成PCR產(chǎn)物污染的形式是氣溶膠污染。在空氣與液體面摩擦?xí)r就可形成氣溶膠,在操作時(shí)比較劇烈地?fù)u動(dòng)反應(yīng)管,開(kāi)蓋時(shí)、吸樣時(shí)及污染進(jìn)樣的反復(fù)吸樣都可形成氣溶膠而污染。據(jù)計(jì)算一個(gè)氣溶膠顆??珊?8000拷貝,因而由其造成的污染是一個(gè)值得特別重視的問(wèn)題。南通特殊樣本Real-time PCR服務(wù)