高通量測序應用于臨床感鑒定高通量測序臨床應用的劣勢有：1)測序成本，尤其是海量數(shù)據(jù)的計算機輔助分析速度及成本；2)人體標本及標本處理過程均不是無菌狀態(tài)，難以區(qū)分健康攜帶和污染信號，尤其是條件病原體；3)難以確定高通量測序鎖定的可能病原體和目前疾病狀態(tài)的因果關系。隨著高通量測序成本的下降和云計算在線分析軟件的使用，高通量測序正在逐步進入臨床應用，而臨床指導下的高通量測序和高通量測序指導下的病原體致病性判斷是有效的臨床應用路徑。起初應用于微生物檢測的分子生物學技術是基因探針方法。北京未知病毒篩查方法
微生物鑒定的方法：微生物鑒定的傳統(tǒng)的鑒定方法雖然仍被普遍使用，但存在兩大缺點。它們只適用于可以體外培養(yǎng)的生物體，而且一些菌株表現(xiàn)出不符合已知種屬模式的獨特的生化特性。許多現(xiàn)代方法并不依賴于活的培養(yǎng)物，它們常常能揭示通過傳統(tǒng)方法檢測不到的有機體之間的細微差別。PCR，包括實時熒光定量PCR，可能是普遍應用于微生物鑒定的分子技術。利用PCR技術，可以快速檢測和鑒定臨床標本的微生物種類，從而加快診斷程序。大多數(shù)基于PCR的方法涉及一組通用的PCR引物，通過測序PCR擴增的序列來鑒定細菌/樣品。16SrRNA基因是PCR細菌鑒定的金標準序列，而內(nèi)部轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)(ITS)區(qū)域是種類的主要條碼標記。廣州微生物檢測診斷室內(nèi)空氣是微生物污染的傳播途徑。
生物的個體在一生的生長繁殖過程中，經(jīng)過不同的發(fā)育階段。這種過程對特定的生物來講是重復循環(huán)的，常稱為該種生物的生活周期或生活史。各種生物都有自己的生活史。在分類鑒定中，生活史有時也是一項指標，如黏細菌就是以它的生活史作為分類鑒定的依據(jù)。很多細菌有十分相似的外表結(jié)構(如鞭毛)或有作用相同的酶(如乳酸桿菌屬內(nèi)各種細菌都有乳酸脫氫酶)。雖然它們的蛋白質(zhì)分子結(jié)構各異，但在普通技術下(如電子顯微鏡或生化反應)，仍無法分辨它們。然而利用抗原與抗體的高度敏感特異性反應，就可用來鑒定相似的菌種，或?qū)νN微生物分型。用已知菌種、型或菌株制成的抗血清，與待鑒定的對象是否發(fā)生特異性的血清學反應來鑒定未知菌種、型或菌株。該法常用于腸道菌、噬菌體和病毒的分類鑒定。利用此法，已將傷寒桿菌、肺炎鏈球菌等菌分成數(shù)十種菌型。
傳統(tǒng)病原微生物檢測方法概況：隨著醫(yī)學微生物學研究技術的不斷發(fā)展，病原學診斷已不再局限于病原體水平，深入到分子水平、基因水平的檢測手段不斷出現(xiàn)并被應用于臨床和實驗。核酸分子雜交技術、PCR技術、基因芯片技術、高通量測序技術等檢測方法，自動化程度高，快速省時、無污染、結(jié)果精確，可以準確靈敏地鑒定病原微生物。 傳統(tǒng)的病原微生物的檢測方法有：直接涂片鏡檢、分離培養(yǎng)與生化反應、組織細胞培養(yǎng)、血清學與免疫學檢測、血清學與免疫學檢測、基因檢測（核酸雜交技術、基因芯片技術、PCR技術、環(huán)介導恒溫核酸擴增法等）。微生物檢測必須嚴格把關是很有必要的。
病毒是地球上數(shù)量多的生物實體，其中細菌病毒(即噬菌體)約有1031個類群，從海洋到陸地再到人體幾乎都是它們的棲息地。研究者將病毒視為調(diào)節(jié)人類生態(tài)系統(tǒng)的重要成員，人體內(nèi)主要包括真核病毒和噬菌體，包括雙鏈DNA(double-strandedDNA,dsDNA)，單鏈DNA(single-strandedDNA,ssDNA)和RNA病毒。隨著對病毒研究的普遍開展，“病毒組”與“病毒組學”的概念也應運而生，這些術語分別涵蓋了棲息在生態(tài)系統(tǒng)中的所有病毒及其基因組和對它們的研究(LefkowitzEJ,etal,2017)。根據(jù)病毒不同的特征進行分類，包括病毒的宿主范圍；病毒的形態(tài)學；病毒的基因組大??；病毒的核酸組成成分以及病毒的致病性。雖然所有的性狀在病毒分類學的確定中都很重要，但目前利用平均核苷酸同源性（ANI）和系統(tǒng)發(fā)育關系進行序列比較被視為定義和區(qū)分病毒群類的主要標準。微生物鑒定的傳統(tǒng)的鑒定方法雖然仍被普遍使用。重慶未知病原微生物檢測排行
病原微生物檢測的不可知性使得高通量測序成為研究這類病原微生物的有用工具。北京未知病毒篩查方法
介紹宏病毒組分析的常用軟件之前，首先我們來看一下宏病毒組的基本分析流程。這里需要說明的是基于病毒顆粒分離技術及NGS測序平臺的宏病毒組學研究還處于起步階段，分析功能模塊新的思路和技術層出不窮，但另一個層面，宏病毒組是宏基因組的一個分支，基本大的分析思路方面與宏基因組還是有著不小的相似之處。歸納一下，宏病毒組主要包括一下幾個方面的分析內(nèi)容：病毒群落結(jié)構組成分析；病毒群落功能分析；病毒（特別是噬菌體）宿主預測；病毒與群落中細菌、古菌等其他微生物之間的互作網(wǎng)絡；基于非數(shù)據(jù)庫比對的新病毒序列的挖掘。北京未知病毒篩查方法
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