病毒序列測序分析服務

來源: 發(fā)布時間:2021-10-09

RNA病毒基因組測序工作:動物、人、植物被特定病毒株侵染、分離到病毒株、連續(xù)傳代的病毒株往往都需要獲得盡量完整的基因組序列來指導下一步的研究,傳統(tǒng)的sanger測序需要了解序列、設計引物、做很多PCR,往往效率很低,而NGS作為一種無需特異性引物擴增的測序方式,可以直接從RNA中獲得序列。如果,1,您的目的是:獲得一種指定RNA病毒盡量完整的序列;2,您可以提供該病毒的中英文名稱;3,您了解樣本中病毒的載量情況、培養(yǎng)狀況、ct值等任一信息。那么,RNA病毒基因組測序可以幫助你,探普為你準備了完整的下單、樣本準備方法。分析不同大小和不同樣品類型的UViGs對于探索病毒基因組序列空白是有價值的。病毒序列測序分析服務

新一代測序中基因從頭測序和重測序有什么區(qū)別?從頭測序的原理是生成互相分離的若干組帶放射性標記的寡核苷酸,每組寡核苷酸都有固定的起點,但卻隨機終止于特定的一種或者多種殘基上??梢詤^(qū)分長度只差一個核苷酸的不同DNA分子的條件下,對各組寡核苷酸進行電泳分析,只要把幾組寡核苷酸加樣于測序凝膠中若干個相鄰的泳道上。全基因組重測序是對已知基因組序列的物種進行不同個體的基因組測序,并在此基礎上對個體或群體進行差異性分析。SBC將不同梯度插入片段的測序文庫結(jié)合短序列、雙末端進行測序,幫助客戶在全基因組水平上掃描并檢測與重要性狀相關(guān)的基因序列差異和結(jié)構(gòu)變異,實現(xiàn)遺傳進化分析及重要性狀候選基因預測。病毒序列測序分析服務高通量測序技術(shù)是對傳統(tǒng)測序一次**性的改變。

病毒基因組測序:病毒基因組測序包括完成圖測序、掃描圖測序和重測序三個層面,通過二代/三代測序平臺,獲得病毒的基因組的序列信息,并在結(jié)構(gòu)基因組學、比較基因組學層面通過差異分析、同源基因分析、共線性分析、物種進化分析等手段探究病毒的毒力系統(tǒng)、基因組的進化與演變歷程等。對疑似傳染標本采集提取后直接進行高通量測序,通過病原微生物專門用的數(shù)據(jù)庫比對和智能化算法分析,獲得疑似致病微生物種屬信息,并提供全方面深入的報告,為疑難危重傳染提供快速準確診斷依據(jù),促進藥物的合理應用。

病原學的診斷注意事項:病原學的診斷始終是傳染性疾病診斷的重要一環(huán),二代測序作為病原學診斷的**性技術(shù),也在臨床上不斷的探索、落地,“中國宏基因組學第二代測序技術(shù)檢測傳染病原體的臨床應用**共識”是世界開始針對所有傳染性疾病的宏基因組學第二代測序技術(shù)臨床應用**共識,是中國傳染性疾病臨床**對二代測序技術(shù)的臨床應用的規(guī)范與質(zhì)量控制達成的共識。由于二代測序的成本仍然較高,尚不能作為輕癥傳染性疾病的主要選擇(A,Ⅲ),完成一次二代測序需要數(shù)千元人民幣,與之相比,完成1次血培養(yǎng)約40元人民幣,完成1次16SPCR檢測則需約50元人民幣。全基因組測序能檢測個體基因組中的全部遺傳信息,準確性高。

全基因組測序要注意的事項:全基因組測序是對未知基因組序列的物種進行個體的基因組測序。技術(shù)路線:提取基因組DNA,然后隨機打斷,電泳回收所需長度的DNA的片段(0.2~5Kb),加上接頭,進行DNA簇(Cluster)制備,后利用Paired-End(Solexa)或者Mate-Pair(SOLiD)的方法對插入片段進行測序。然后對測得的序列組裝成Contig,通過Paired-End的距離可進一步組裝成Scaffold,進而可組裝成染色體等。組裝效果與測序深度與覆蓋度、測序質(zhì)量等有關(guān)。常用的組裝有:SOAPdenovo、Trimity、Abyss等。測序深度(Sequencingdepth)是指測序得到的堿基總量(bp)與基因組大小的比值,它是評價測序量的指標之一。測序深度與基因組覆蓋度之間是一個正相關(guān)的關(guān)系,測序帶來的錯誤率或假陽性結(jié)果會隨著測序深度的提升而下降。測序的個體,如果采用的是雙末端或Mate-Pair方案,當測序深度在50X~100X以上時,基因組覆蓋度和測序錯誤率控制均得以保證,后續(xù)序列組裝成染色體才能變得更容易與準確。想要通過高通量測序獲得病毒全序列,需要經(jīng)歷:核酸純化-文庫構(gòu)建-生物信息學分析這三大基本流程。RNA高通量測序進化分析

病毒全基因組測序要注意什么事項?病毒序列測序分析服務

病毒全基因組測序定:探普生物對病毒的全基因組進行測序的實驗基于二代測序技術(shù)。樣本經(jīng)過核酸純化-文庫構(gòu)建-生物信息學分析這3大基本流程后轉(zhuǎn)換成了序列數(shù)據(jù)。先,在核酸純化環(huán)節(jié),探普提供專門針對性的核酸純化樣本指南,以提高目的物種的核酸純度和得率,與此同時探普生物也提供核酸純化服務。第二,文庫構(gòu)建環(huán)節(jié),樣本的核酸具備濃度低,總量少的特點。探普生物專門針對這一點開發(fā)了超微量核酸文庫構(gòu)建,可以將0.01ng/μl甚至更低濃度的核酸構(gòu)建成測序文庫。第三,生物信息學分析環(huán)節(jié)。生存環(huán)境和狀態(tài)決定了對病毒的全基因組進行測序的下機數(shù)據(jù)一般都伴隨大量的宿主和其他微生物的數(shù)據(jù)。探普生物基于該特點,優(yōu)化了自有數(shù)據(jù)庫,搭載了專門用的的生物信息學分析流程,可處理復雜背景下的目標物種序列。病毒序列測序分析服務

上海探普生物科技有限公司主要經(jīng)營范圍是醫(yī)藥健康,擁有一支專業(yè)技術(shù)團隊和良好的市場口碑。公司自成立以來,以質(zhì)量為發(fā)展,讓匠心彌散在每個細節(jié),公司旗下病毒測序,病毒全基因組測序,病毒宏基因組測序,未知病原鑒定深受客戶的喜愛。公司從事醫(yī)藥健康多年,有著創(chuàng)新的設計、強大的技術(shù),還有一批**的專業(yè)化的隊伍,確保為客戶提供良好的產(chǎn)品及服務。上海探普生物秉承“客戶為尊、服務為榮、創(chuàng)意為先、技術(shù)為實”的經(jīng)營理念,全力打造公司的重點競爭力。