深圳深度測(cè)序分析方法

哪些應(yīng)用場(chǎng)景需要對(duì)病毒的全基因組進(jìn)行測(cè)序？在探普生物長(zhǎng)時(shí)間運(yùn)行過(guò)程中，我們接觸到的對(duì)病毒的全基因組進(jìn)行測(cè)序項(xiàng)目有比較豐富的應(yīng)用場(chǎng)景。先，從事基因進(jìn)化/疫苗/藥品/抗體研制方向的研究的研究者一定會(huì)用到測(cè)序。這種場(chǎng)景一般是用密集的sanger測(cè)序監(jiān)測(cè)某幾個(gè)關(guān)鍵基因，搭載一定頻率的全基因組測(cè)序。這樣的組合省時(shí)省力省經(jīng)費(fèi)，同時(shí)能達(dá)到研究目的。此外，有的單位需要對(duì)傳染病的病原進(jìn)行流行病學(xué)監(jiān)測(cè)和研究，如疾控/疫控中心、醫(yī)院的傳染病科室以及一些高校和研究所的相應(yīng)課題組，可能需要對(duì)病毒的全基因組進(jìn)行測(cè)序以后，結(jié)合其他上下游的研究數(shù)據(jù)，達(dá)到研究或者監(jiān)測(cè)疫病的目的。病毒全基因組測(cè)序具有的特點(diǎn)：不預(yù)設(shè)目標(biāo)檢出物，樣本的所有病原信息一網(wǎng)打盡。深圳深度測(cè)序分析方法

目前對(duì)我國(guó)首例輸入性裂谷熱病例病毒進(jìn)行全基因組測(cè)定,分析其進(jìn)化來(lái)源及潛在變異.方法提取樣本核酸,非特異性反轉(zhuǎn)錄擴(kuò)增病毒基因組RNA,使用IonTorrent二代測(cè)序儀進(jìn)行病毒全基因組測(cè)定.對(duì)獲得的基因組數(shù)據(jù)進(jìn)行序列拼接、比對(duì)、進(jìn)化樹構(gòu)建和關(guān)鍵位點(diǎn)分析.結(jié)果通過(guò)測(cè)定獲得了病毒全基因組11979nt,該測(cè)定病毒屬E基因分支,序列與先前南非分離株Kakamas相似度較高(＞98％)。病毒Gn蛋白C端信號(hào)肽區(qū)存在1個(gè)氨基酸突變.結(jié)論本研究分析測(cè)定的裂谷熱病毒全基因組與目前非洲流行株高度相似,病毒基因特征未出現(xiàn)明顯變異。深度測(cè)序分析上哪找探普生物獨(dú)有的實(shí)驗(yàn)和分析流程，可兼容高復(fù)雜度，低濃度的病毒核酸。

未培養(yǎng)病毒基因組的信息標(biāo)準(zhǔn)：①關(guān)于未培養(yǎng)病毒基因組標(biāo)準(zhǔn)的信息是在基因組標(biāo)準(zhǔn)框架內(nèi)制定的，包括病毒起源、基因組質(zhì)量、基因組注釋、分類信息、生物地理分布和宿主預(yù)測(cè)；②UViGs有助于提高我們對(duì)病毒進(jìn)化歷史和病毒-宿主之間相互作用的理解；③病毒基因組組成和內(nèi)容、復(fù)制策略和宿主的異常多樣性意味著UViGs的完整性、質(zhì)量、分類學(xué)和生態(tài)學(xué)需要通過(guò)病毒特異性指標(biāo)來(lái)評(píng)估；④分析不同大小和不同樣品類型的UViGs對(duì)于探索病毒基因組序列空白是有價(jià)值的。

深度測(cè)序技術(shù)對(duì)科學(xué)研究范式相關(guān)影響表現(xiàn)在：個(gè)性化醫(yī)學(xué)、P4醫(yī)學(xué)和準(zhǔn)確醫(yī)學(xué)等研究范式都是在近幾年深度測(cè)序技術(shù)迅猛發(fā)展的基礎(chǔ)上提出的。個(gè)人基因組測(cè)定的可行性，使得大眾有可能測(cè)定和分析自己的基因組、尋找到個(gè)人健康相關(guān)的基因風(fēng)險(xiǎn)因素，從而可以在生活習(xí)慣、飲食等方面提早進(jìn)行個(gè)性化預(yù)測(cè)和預(yù)防。由于互聯(lián)網(wǎng)的發(fā)展和即時(shí)檢驗(yàn)技術(shù)（point-of-care-testing，POCT）的應(yīng)用，人們可以通過(guò)網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行交流和參與到整個(gè)診療過(guò)程，這便是P4醫(yī)學(xué)的概念：預(yù)測(cè)性（predictive）、預(yù)防性（preventive）、個(gè)性化（personalized）及參與性（participatory）。病毒全基因組測(cè)序產(chǎn)品特點(diǎn)：樣本的所有病原信息一網(wǎng)打盡。

高通量測(cè)序技術(shù)又稱“下一代“測(cè)序技術(shù)或深度測(cè)序技術(shù)，可以一次性對(duì)幾十萬(wàn)至幾百萬(wàn)條DNA分子進(jìn)行序列測(cè)定?，F(xiàn)已普遍應(yīng)用在基因組測(cè)序、基因表達(dá)分析、非編碼小分子RNA鑒定、轉(zhuǎn)錄因子靶基因篩選及DNA甲基化等相關(guān)的研究領(lǐng)域。高通量測(cè)序技術(shù)是對(duì)傳統(tǒng)測(cè)序一次性的改變，一次對(duì)幾十萬(wàn)到幾百萬(wàn)條DNA分子進(jìn)行序列測(cè)定，因此在有些文獻(xiàn)中稱其為下一代測(cè)序技術(shù)(nextgenerationsequencing)足見其劃時(shí)代的改變，同時(shí)高通量測(cè)序使得對(duì)一個(gè)物種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進(jìn)行細(xì)致全貌的分析成為可能，所以又被稱為深度測(cè)序(deepsequencing)。探普生物病毒測(cè)序具備商務(wù)流程通暢的優(yōu)點(diǎn)。DNA高通量測(cè)序分析多少錢

在探普生物進(jìn)行病毒基因組測(cè)序非常簡(jiǎn)單。深圳深度測(cè)序分析方法

深度測(cè)序與個(gè)性化醫(yī)學(xué)的范式相比，P4醫(yī)學(xué)更強(qiáng)調(diào)早期預(yù)測(cè)和預(yù)防，強(qiáng)調(diào)對(duì)患者了解的系統(tǒng)性和參與性。準(zhǔn)確醫(yī)學(xué)的概念則是在基因測(cè)序普及的基礎(chǔ)上，將整個(gè)個(gè)體的各種信息如生理信息（通過(guò)可穿戴設(shè)備可以即時(shí)監(jiān)控和收集到）和腸道菌群變化、各種組學(xué)信息（深度測(cè)序測(cè)定）整合，進(jìn)行準(zhǔn)確的疾病分型、調(diào)整和預(yù)防。隨著老年化時(shí)代的到來(lái)及臨床資源的限制，基于這三種范式的健康管理和準(zhǔn)確診療將成為生物醫(yī)學(xué)研究與應(yīng)用的基本范式，走向大眾生活，正如當(dāng)年的計(jì)算機(jī)發(fā)展歷程一樣，會(huì)從原來(lái)的大型機(jī)器演變成可移動(dòng)的小型工具。醫(yī)學(xué)與健康的將來(lái)也會(huì)隨著深度測(cè)序的普及和生物信息學(xué)數(shù)據(jù)處理能力的大幅度提高，而進(jìn)入個(gè)性化的大眾管理時(shí)代。深圳深度測(cè)序分析方法