病原體-宏基因組的測序:1.開發(fā)了一種經(jīng)過驗證的臨床mNGS檢測方法，用于在許可的微生物實驗室中診斷腦脊髓液（CSF）引起的腦膜炎和腦炎的傳染原因。2.開發(fā)了定制的生物信息學管道SURPI+，以快速分析mNGS數(shù)據(jù)，生成檢測到的病原體的自動摘要，并提供用于評估和解釋結(jié)果的圖形用戶界面。3.mNGS提供了一種全方面的方法，通過該方法可以在一次測定中準確鑒定幾乎所有潛在病原體-病毒，細菌，寄生蟲。4.將mNGS測試遷移到臨床微生物學實驗室仍然面臨許多挑戰(zhàn)：1、缺乏用于mNGS臨床驗證的既定藍圖；2、難以將病原體從殖民者或污染物中區(qū)分開；3、缺乏專為臨床診斷使用的生物信息學軟件；4、注重質(zhì)量和全方面性的可獲得的參考數(shù)據(jù)庫；5、臨床實驗室改進修正案（CLIA）環(huán)境中，患者診斷測試固有的法規(guī)遵從性要求。有很多微生物通過傳統(tǒng)技術(shù)是無法鑒別的。河北口腔微生物多樣性分析技術(shù)
病毒宏基因組測序：宏基因組測序?qū)Νh(huán)境樣本所有微生物基因組DNA進行提取和高通量測序，分析樣本環(huán)境中所有微生物基因組信息。宏基因組測序解讀微生物群體的多樣性與豐度信息，分析微生物群體基因組及功能，也探求微生物與環(huán)境、微生物與宿主之間的關(guān)系，發(fā)掘和研究新的功能基因。生物信息分析內(nèi)容1.測序質(zhì)量分析與統(tǒng)計、評估；2.數(shù)據(jù)庫比對；3.物種豐度分析；4.功能基因注釋；5.基因功能豐度差異分析；6.Pathway富集分析；7.豐度差異基因/物種聚類分析；8.PCA分析。重慶土壤微生物多樣性測序排行探普生物的研發(fā)團隊都是來自全國各地病毒學、微生物學專業(yè)高校的。
宏基因組是1998年提出的新名詞，其定義為“thegenomesofthetotalmicrobiotafoundinnature”,即生境中全部微小生物遺傳物質(zhì)的總和。它包含了可培養(yǎng)的和未可培養(yǎng)的微生物的基因，目前主要指環(huán)境樣品中的細菌和的基因組總和。而所謂宏基因組學(或元基因組學，metagenomics)就是一種以環(huán)境樣品中的微生物群體基因組為研究對象，以功能基因篩選和/或測序分析為研究手段，以微生物多樣性、種群結(jié)構(gòu)、進化關(guān)系、功能活性、相互協(xié)作關(guān)系及與環(huán)境之間的關(guān)系為研究目的的新的微生物研究方法。一般包括從環(huán)境樣品中提取基因組DNA,進行高通量測序分析，或克隆DNA到合適的載體，導入宿主菌體，篩選目的轉(zhuǎn)化子等工作。
病毒宏基因組測序的流程：在探普生物進行病毒宏基因組測序的流程非常簡單，簡而言之，客戶只需要說清楚樣品情況，準備樣品即可，其他事宜都由探普來進行安排。大致流程如下：1)與銷售人員溝通項目需求和樣本情況；2)探普生物工作人員擬定項目合同，雙方協(xié)商合同內(nèi)容后簽字蓋章；3)按樣本準備指南準備好樣本，填寫信息單后通知銷售人員預訂干冰，安排樣本寄運輸；4)客戶支付項目啟動款，探普生物啟動項目實驗和分析并提供測序報告；5)客戶支付項目尾款，探普生物提交測序數(shù)據(jù)和分析結(jié)果；6)售后問題處理，項目結(jié)題。宏基因組測序技術(shù)不依賴于微生物的分離培養(yǎng)。
對樣本進行宏病毒組測序具有的意義：和細菌的宏基因組相似，病毒宏基因組也是旨在研究微生物群體中的物種分布規(guī)律和差異，通過大數(shù)據(jù)分析微生物群體的功能。通過對樣本進行宏病毒組測序，我們可以了解單個樣本里有什么病毒，相對含量是多少，優(yōu)勢物種是什么；還可以了解不同群體間物種分布有何差異，結(jié)合樣本來源和其所屬環(huán)境，指導下游的實驗方向。于科研，好的群體和樣本可以發(fā)表質(zhì)量的學術(shù)論文；于臨床，可以輔助臨床醫(yī)生進行微生物侵染類疾病診斷并在一定程度提供用藥指導。隨著數(shù)據(jù)庫日趨完善，對樣本進行宏病毒組測序以后，我們將獲得越來越豐富的信息，它有朝一日會成為研究者非常常規(guī)的研究手段。微生物檢測涉及多行業(yè)和領(lǐng)域，在實驗室檢測中有著重要的地位。重慶腸道微生物多樣性測序分析原理
高通量測序技術(shù)對核酸進行測序是非特異的，因此，對一無所知的核酸也可以實現(xiàn)鑒別.河北口腔微生物多樣性分析技術(shù)
病毒宏基因組學的相關(guān)知識：病毒是引發(fā)人畜共患病的主要病原體之一，伴隨環(huán)境、生態(tài)和人類行為等各方面因素的變化，新發(fā)人畜共患病也呈現(xiàn)逐年遞增的趨勢，它們極大地威脅著人類和動物的健康和生命，并給畜牧業(yè)和農(nóng)業(yè)的健康發(fā)展以及自然界生態(tài)鏈的平衡帶來危害及災難。然而，許多新發(fā)人畜共患病的病原初往往是未知的，如1986年的牛海綿狀腦病、1999年的尼帕病毒、2003年的SARS冠狀病毒、1997至今不斷變異的高致病性禽流感H5和H；7、2009年的甲型H1N1、2010年的布尼亞病毒，它們都經(jīng)歷了一個從未知到己知的探索過程。為此，及早地發(fā)現(xiàn)，鑒別未知的或新出現(xiàn)的病原，是有效預防和控制傳染病的先決條件之一。傳統(tǒng)的診斷技術(shù)已不能滿足提前預警或快速診斷新發(fā)人畜共患病的需求。近年來，病毒宏基因組學的出現(xiàn)和興起，為人類診斷新發(fā)人畜共患病和探索潛在的病原提供了巨大的幫助。河北口腔微生物多樣性分析技術(shù)