病毒基因組的結(jié)構(gòu)特點(diǎn)有哪些?病毒基因組大小相差較大。病毒基因組可以由DNA組成,也可以由RNA組成。多數(shù)RNA病毒的基因組是由連續(xù)的核糖核酸鏈組成,還沒有發(fā)現(xiàn)有節(jié)段性的DNA分子構(gòu)成的病毒基因組。病毒基因組的大部分是用來編碼蛋白質(zhì)的。病毒基因組DNA序列能上相關(guān)的蛋白質(zhì)的基因或rRNA的基因往往叢集在基因組的一個(gè)或幾個(gè)特定的部位,形成一個(gè)功能單位或轉(zhuǎn)錄單元。除了反轉(zhuǎn)錄病毒以外一切病毒基因組都是單倍體,每個(gè)基因在病毒顆粒中只出現(xiàn)一次。噬菌體(細(xì)菌病毒)的基因是連續(xù)的;而真核細(xì)胞病毒的基因是不連續(xù)的,具有內(nèi)含子。高通量測序技術(shù)正式啟用之后,研究者可以將樣品處理至標(biāo)準(zhǔn)濃度和體積后進(jìn)行測序和分析。國內(nèi)深度測序分析方法
深度測序與個(gè)性化醫(yī)學(xué)的范式相比,P4醫(yī)學(xué)更強(qiáng)調(diào)早期預(yù)測和預(yù)防,強(qiáng)調(diào)對患者了解的系統(tǒng)性和參與性。準(zhǔn)確醫(yī)學(xué)的概念則是在基因測序普及的基礎(chǔ)上,將整個(gè)個(gè)體的各種信息如生理信息(通過可穿戴設(shè)備可以即時(shí)監(jiān)控和收集到)和腸道菌群變化、各種組學(xué)信息(深度測序測定)整合,進(jìn)行準(zhǔn)確的疾病分型、調(diào)整和預(yù)防。隨著老年化時(shí)代的到來及臨床資源的限制,基于這三種范式的健康管理和準(zhǔn)確診療將成為生物醫(yī)學(xué)研究與應(yīng)用的基本范式,走向大眾生活,正如當(dāng)年的計(jì)算機(jī)發(fā)展歷程一樣,會(huì)從原來的大型機(jī)器演變成可移動(dòng)的小型工具。醫(yī)學(xué)與健康的將來也會(huì)隨著深度測序的普及和生物信息學(xué)數(shù)據(jù)處理能力的大幅度提高,而進(jìn)入個(gè)性化的大眾管理時(shí)代。國內(nèi)全基因組病毒分析公司高通量測序技術(shù)正式啟用之后,研究者可以將樣品處理至標(biāo)準(zhǔn)濃度和體積后進(jìn)行測序和分析.
哪些應(yīng)用場景需要對病毒的全基因組進(jìn)行測序?在探普生物長時(shí)間運(yùn)行過程中,我們接觸到的對病毒的全基因組進(jìn)行測序項(xiàng)目有比較豐富的應(yīng)用場景。先,從事基因進(jìn)化/疫苗/藥品/抗體研制方向的研究的研究者一定會(huì)用到測序。這種場景一般是用密集的sanger測序監(jiān)測某幾個(gè)關(guān)鍵基因,搭載一定頻率的全基因組測序。這樣的組合省時(shí)省力省經(jīng)費(fèi),同時(shí)能達(dá)到研究目的。此外,有的單位需要對傳染病的病原進(jìn)行流行病學(xué)監(jiān)測和研究,如疾控/疫控中心、醫(yī)院的傳染病科室以及一些高校和研究所的相應(yīng)課題組,可能需要對病毒的全基因組進(jìn)行測序以后,結(jié)合其他上下游的研究數(shù)據(jù),達(dá)到研究或者監(jiān)測疫病的目的。
一直以來,病毒基因組測序都是疾病診斷、流行病學(xué)調(diào)查和宿主-病原關(guān)系研究的重要手段。病毒的全基因組測序以及對應(yīng)的生物信息學(xué)分析方法是研究病毒進(jìn)化、毒力因子變異、疫病爆發(fā)之間的關(guān)系、疫病傳播途徑、不同遺傳變異的分布模式、疫病發(fā)生地理區(qū)域的基礎(chǔ)。與傳統(tǒng)Sanger測序相比,NGS技術(shù)的發(fā)展使得一個(gè)小的研究小組可以擁有大量病毒株的全基因組序列,測序成本也在逐步降低。由于NGS產(chǎn)生的數(shù)據(jù)量非常龐大,其序列拼接難度也隨之增加。而且對于低濃度高復(fù)雜度的樣本,研究者除了PCR外別無他法。而PCR方法往往具有偏好性,丟失的片段將為序列組裝帶來非常高的失敗率。對于完全未知的樣本,無法通過PCR進(jìn)行富集,要鑒定其種類需要調(diào)用各種方法,逐個(gè)嘗試,工作量之大,其效率之低,使得一個(gè)新的研究方法的出現(xiàn)及其必要。探普生物獨(dú)有的實(shí)驗(yàn)和分析流程,可兼容高復(fù)雜度,低濃度的病毒核酸。
有哪些技術(shù)手段能實(shí)現(xiàn)對病毒的全基因組進(jìn)行測序呢?早期在高通量測序技術(shù)普及之前,對病毒的全基因組進(jìn)行測序是通過非特異性擴(kuò)增+克隆結(jié)合sanger測序來完成的。當(dāng)物種有了參考的序列之后,可以通過特異性擴(kuò)增+sanger測序獲得全基因組序列。Sanger測序準(zhǔn)確度高,讀長很長,但與此同時(shí),擴(kuò)增和克隆工作費(fèi)時(shí)費(fèi)力,由于流程繁瑣,加上快速變異導(dǎo)致引物無法通用,該方法對于大量基因組的測序工作而言,可操作性不強(qiáng),這對于研究者一直是一個(gè)困擾。高通量測序技術(shù)正式啟用之后,研究者可以將樣品處理至標(biāo)準(zhǔn)濃度和體積后進(jìn)行測序和分析,減少了工作量,增加了成功率。探普生物進(jìn)行了大量有針對性的研發(fā)和測試,開發(fā)了全套的實(shí)驗(yàn)和分析流程用于對病毒的全基因組進(jìn)行測序,該流程自運(yùn)行以來廣受研究者們好評。 探普生物病毒測序具備樣本準(zhǔn)備簡單的優(yōu)點(diǎn)。北京病毒測序突變分析上哪找
想要通過高通量測序獲得病毒全序列,需要經(jīng)歷:核酸純化-文庫構(gòu)建-生物信息學(xué)分析這三大基本流程.國內(nèi)深度測序分析方法
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