國內(nèi)病毒全基因組二代測序分析原理

高通量測序技術(shù)又稱“下一代“測序技術(shù)或深度測序技術(shù)，可以一次性對幾十萬至幾百萬條DNA分子進(jìn)行序列測定?，F(xiàn)已普遍應(yīng)用在基因組測序、基因表達(dá)分析、非編碼小分子RNA鑒定、轉(zhuǎn)錄因子靶基因篩選及DNA甲基化等相關(guān)的研究領(lǐng)域。高通量測序技術(shù)是對傳統(tǒng)測序一次性的改變，一次對幾十萬到幾百萬條DNA分子進(jìn)行序列測定，因此在有些文獻(xiàn)中稱其為下一代測序技術(shù)(nextgenerationsequencing)足見其劃時代的改變，同時高通量測序使得對一個物種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進(jìn)行細(xì)致全貌的分析成為可能，所以又被稱為深度測序(deepsequencing)。

對病毒全基因組進(jìn)行測序，是利用生物信息分析手段，得到病毒的全基因組序列。國內(nèi)病毒全基因組二代測序分析原理

需要對病毒的全基因組進(jìn)行測序的應(yīng)用場景：在探普生物長時間運(yùn)行過程中，我們接觸到的對病毒的全基因組進(jìn)行測序項目有比較豐富的應(yīng)用場景。先，從事基因進(jìn)化/疫苗/藥品/抗體研制方向的研究的研究者一定會用到測序。這種場景一般是用密集的sanger測序監(jiān)測某幾個關(guān)鍵基因，搭載一定頻率的全基因組測序。這樣的組合省時省力省經(jīng)費(fèi)，同時能達(dá)到研究目的。此外，有的單位需要對傳染病的病原進(jìn)行流行病學(xué)監(jiān)測和研究，如疾控/疫控中心、醫(yī)院的傳染病科室以及一些高校和研究所的相應(yīng)課題組，可能需要對病毒的全基因組進(jìn)行測序以后，結(jié)合其他上下游的研究數(shù)據(jù)，達(dá)到研究或者監(jiān)測疫病的目的。

國內(nèi)病毒高通量測序分析技術(shù)全基因組測序是對未知基因組序列的物種進(jìn)行個體的基因組測序。

全基因組測序要注意的事項：全基因組測序是對未知基因組序列的物種進(jìn)行個體的基因組測序。技術(shù)路線：提取基因組DNA，然后隨機(jī)打斷，電泳回收所需長度的DNA的片段（0.2~5Kb），加上接頭,進(jìn)行DNA簇（Cluster）制備，后利用Paired-End（Solexa）或者M(jìn)ate-Pair（SOLiD）的方法對插入片段進(jìn)行測序。然后對測得的序列組裝成Contig，通過Paired-End的距離可進(jìn)一步組裝成Scaffold，進(jìn)而可組裝成染色體等。組裝效果與測序深度與覆蓋度、測序質(zhì)量等有關(guān)。常用的組裝有：SOAPdenovo、Trimity、Abyss等。測序深度（Sequencingdepth）是指測序得到的堿基總量（bp）與基因組大小的比值，它是評價測序量的指標(biāo)之一。測序深度與基因組覆蓋度之間是一個正相關(guān)的關(guān)系，測序帶來的錯誤率或假陽性結(jié)果會隨著測序深度的提升而下降。測序的個體，如果采用的是雙末端或Mate-Pair方案，當(dāng)測序深度在50X~100X以上時，基因組覆蓋度和測序錯誤率控制均得以保證，后續(xù)序列組裝成染色體才能變得更容易與準(zhǔn)確。

病毒全基因組測序定：探普生物對病毒的全基因組進(jìn)行測序的實(shí)驗(yàn)基于二代測序技術(shù)。樣本經(jīng)過核酸純化-文庫構(gòu)建-生物信息學(xué)分析這3大基本流程后轉(zhuǎn)換成了序列數(shù)據(jù)。先，在核酸純化環(huán)節(jié)，探普提供專門針對性的核酸純化樣本指南，以提高目的物種的核酸純度和得率，與此同時探普生物也提供核酸純化服務(wù)。第二，文庫構(gòu)建環(huán)節(jié)，樣本的核酸具備濃度低，總量少的特點(diǎn)。探普生物專門針對這一點(diǎn)開發(fā)了超微量核酸文庫構(gòu)建，可以將0.01ng/μl甚至更低濃度的核酸構(gòu)建成測序文庫。第三，生物信息學(xué)分析環(huán)節(jié)。生存環(huán)境和狀態(tài)決定了對病毒的全基因組進(jìn)行測序的下機(jī)數(shù)據(jù)一般都伴隨大量的宿主和其他微生物的數(shù)據(jù)。探普生物基于該特點(diǎn)，優(yōu)化了自有數(shù)據(jù)庫，搭載了專門用的的生物信息學(xué)分析流程，可處理復(fù)雜背景下的目標(biāo)物種序列。

對病毒的全基因組進(jìn)行測序主要是通過非特異性擴(kuò)增+克隆結(jié)合sanger測序來完成。

病毒全基因組測序定：探普生物對病毒的全基因組進(jìn)行測序的實(shí)驗(yàn)基于二代測序技術(shù)。樣本經(jīng)過核酸純化-文庫構(gòu)建-生物信息學(xué)分析這3大基本流程后轉(zhuǎn)換成了序列數(shù)據(jù)。先，在核酸純化環(huán)節(jié)，探普提供專門針對性的核酸純化樣本指南，以提高目的物種的核酸純度和得率，與此同時探普生物也提供核酸純化服務(wù)。第二，文庫構(gòu)建環(huán)節(jié)，樣本的核酸具備濃度低，總量少的特點(diǎn)。探普生物專門針對這一點(diǎn)開發(fā)了超微量核酸文庫構(gòu)建，可以將0.01ng/μl甚至更低濃度的核酸構(gòu)建成測序文庫。第三，生物信息學(xué)分析環(huán)節(jié)。生存環(huán)境和狀態(tài)決定了對病毒的全基因組進(jìn)行測序的下機(jī)數(shù)據(jù)一般都伴隨大量的宿主和其他微生物的數(shù)據(jù)。探普生物基于該特點(diǎn)，優(yōu)化了自有數(shù)據(jù)庫，搭載了專門用的的生物信息學(xué)分析流程，可處理復(fù)雜背景下的目標(biāo)物種序列。

病毒全基因組測序產(chǎn)品特點(diǎn)：基于PCR技術(shù)和抗原抗體技術(shù)的售后驗(yàn)證平臺。國內(nèi)病毒高通量測序分析技術(shù)

DNA病毒基因組測序：獲得一種指定DNA病毒盡量完整的序列。國內(nèi)病毒全基因組二代測序分析原理

能實(shí)現(xiàn)對病毒的全基因組進(jìn)行測序的技術(shù)手段：早期在高通量測序技術(shù)普及之前，對病毒的全基因組進(jìn)行測序是通過非特異性擴(kuò)增+克隆結(jié)合sanger測序來完成的。當(dāng)物種有了參考的序列之后，可以通過特異性擴(kuò)增+sanger測序獲得全基因組序列。Sanger測序準(zhǔn)確度高，讀長很長，但與此同時，擴(kuò)增和克隆工作費(fèi)時費(fèi)力，由于流程繁瑣，加上快速變異導(dǎo)致引物無法通用，該方法對于大量基因組的測序工作而言，可操作性不強(qiáng)，這對于研究者一直是一個困擾。高通量測序技術(shù)正式啟用之后，研究者可以將樣品處理至標(biāo)準(zhǔn)濃度和體積后進(jìn)行測序和分析，減少了工作量，增加了成功率。探普生物進(jìn)行了大量有針對性的研發(fā)和測試，開發(fā)了全套的實(shí)驗(yàn)和分析流程用于對病毒的全基因組進(jìn)行測序，該流程自運(yùn)行以來廣受研究者們好評。

國內(nèi)病毒全基因組二代測序分析原理

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