一直以來，病毒基因組測序都是疾病診斷、流行病學(xué)調(diào)查和宿主-病原關(guān)系研究的重要手段。病毒的全基因組測序以及對應(yīng)的生物信息學(xué)分析方法是研究病毒進化、毒力因子變異、疫病爆發(fā)之間的關(guān)系、疫病傳播途徑、不同遺傳變異的分布模式、疫病發(fā)生地理區(qū)域的基礎(chǔ)。與傳統(tǒng)Sanger測序相比，NGS技術(shù)的發(fā)展使得一個小的研究小組可以擁有大量病毒株的全基因組序列，測序成本也在逐步降低。由于NGS產(chǎn)生的數(shù)據(jù)量非常龐大，其序列拼接難度也隨之增加。而且對于低濃度高復(fù)雜度的樣本，研究者除了PCR外別無他法。而PCR方法往往具有偏好性，丟失的片段將為序列組裝帶來非常高的失敗率。對于完全未知的樣本，無法通過PCR進行富集，要鑒定其種類需要調(diào)用各種方法，逐個嘗試，工作量之大，其效率之低，使得一個新的研究方法的出現(xiàn)及其必要。病毒是由一種核酸分子與蛋白質(zhì)構(gòu)成或只由蛋白質(zhì)構(gòu)成。國內(nèi)二代測序原理
對病毒的全基因組進行測序費用合理，上海探普生物科技有限公司致力于醫(yī)藥、保養(yǎng)，以科技創(chuàng)新實現(xiàn)管理的追求。探普生物擁有一支經(jīng)驗豐富、技術(shù)創(chuàng)新的專業(yè)研發(fā)團隊，以高度的專注和執(zhí)著為客戶提供病毒測序，病毒全基因組測序，病毒宏基因組測序，未知病原鑒定。探普生物繼續(xù)堅定不移地走高質(zhì)量發(fā)展道路，既要實現(xiàn)基本面穩(wěn)定增長，又要聚焦關(guān)鍵領(lǐng)域，實現(xiàn)轉(zhuǎn)型再突破。探普生物始終關(guān)注醫(yī)藥、保養(yǎng)市場，以敏銳的市場洞察力，實現(xiàn)與客戶的成長共贏。
國內(nèi)二代測序突變分析方法病毒全基因組測序具有的特點：采用高通量測序儀，全流程質(zhì)控。
二代測序可以用于對病毒的全基因組進行測序有哪些挑戰(zhàn)？二代測序相較sanger測序，差異主要就是單次運行可以獲得海量的數(shù)據(jù)量，因此也稱為高通量測序。想要通過高通量測序獲得病毒全序列，需要經(jīng)歷：核酸純化-文庫構(gòu)建-生物信息學(xué)分析這三大基本流程。而高通量測序技術(shù)本身并不是以病毒為目標(biāo)開發(fā)的，因此每個環(huán)節(jié)都是挑戰(zhàn)。核酸純化步驟決定了Input核酸的起始濃度和總量，從而決定了文庫構(gòu)建的成敗、質(zhì)量和產(chǎn)量；文庫的好壞決定了數(shù)據(jù)的質(zhì)量和產(chǎn)出；而數(shù)據(jù)的質(zhì)量產(chǎn)出直接影響分析結(jié)果。樣品一般核酸濃度很低，且?guī)в写罅克拗魑廴荆虼藢嶒灢糠趾头治霾糠侄急容^困難。探普生物基于這些困難點，進行了大量有針對性的研發(fā)和測試，開發(fā)了全套的實驗和分析流程用于對病毒的全基因組進行測序，該流程自運行以來廣受研究者們好評。
全基因組測序要注意的事項：全基因組測序是對未知基因組序列的物種進行個體的基因組測序。技術(shù)路線：提取基因組DNA，然后隨機打斷，電泳回收所需長度的DNA的片段（0.2~5Kb），加上接頭,進行DNA簇（Cluster）制備，后利用Paired-End（Solexa）或者Mate-Pair（SOLiD）的方法對插入片段進行測序。然后對測得的序列組裝成Contig，通過Paired-End的距離可進一步組裝成Scaffold，進而可組裝成染色體等。組裝效果與測序深度與覆蓋度、測序質(zhì)量等有關(guān)。常用的組裝有：SOAPdenovo、Trimity、Abyss等。測序深度（Sequencingdepth）是指測序得到的堿基總量（bp）與基因組大小的比值，它是評價測序量的指標(biāo)之一。測序深度與基因組覆蓋度之間是一個正相關(guān)的關(guān)系，測序帶來的錯誤率或假陽性結(jié)果會隨著測序深度的提升而下降。測序的個體，如果采用的是雙末端或Mate-Pair方案，當(dāng)測序深度在50X~100X以上時，基因組覆蓋度和測序錯誤率控制均得以保證，后續(xù)序列組裝成染色體才能變得更容易與準(zhǔn)確。
病毒基因組測序包括完成圖測序、掃描圖測序和重測序幾個層面。
高通量基因組測序中，什么是測序深度和覆蓋度？測序深度是指測序得到的總堿基數(shù)與待測基因組大小的比值。假設(shè)一個基因大小為2M，測序深度為10X，那么獲得的總數(shù)據(jù)量為20M。覆蓋度是指測序獲得的序列占整個基因組的比例。由于基因組中的高GC、重復(fù)序列等復(fù)雜結(jié)構(gòu)的存在，測序終拼接組裝獲得的序列往往無法覆蓋有所的區(qū)域，這部分沒有獲得的區(qū)域就稱為Gap。例如一個細菌基因組測序，覆蓋度是98%，那么還有2%的序列區(qū)域是沒有通過測序獲得的。在探普生物進行病毒基因組測序是比較簡單的。國內(nèi)二代測序原理
新一代測序中基因從頭測序和重測序有什么區(qū)別？國內(nèi)二代測序原理
病毒的基因重組特點是什么？ 滅活病毒間也會發(fā)生重組 ：例如用紫外線滅活的兩株同種病毒，一同培養(yǎng)?？墒箿缁畹牟《緩?fù)活產(chǎn)生出侵染性病毒體，此稱為多重復(fù)活（Multiplicity reactivation），這是因為兩種病毒核酸上受損害的基因部位不同，由于重組相互彌補而得到復(fù)活。因此現(xiàn)今不用紫外線滅活病毒制造疫苗，以防復(fù)活。 死活病毒間發(fā)生重組 ：例如將能在雞胚中生長良好的甲型流感病毒（A0或A1亞型）疫苗株經(jīng)紫外線滅活后，再加亞洲甲型（A2亞型）活流感病毒一同培養(yǎng)，產(chǎn)生出具有前者特點的A2亞型流感病毒，可供制作疫苗，此稱為交叉復(fù)活。國內(nèi)二代測序原理
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