宏病毒組分析上哪找

來(lái)源: 發(fā)布時(shí)間:2022-11-03

宏基因組測(cè)序?qū)Νh(huán)境樣本所有微生物基因組DNA進(jìn)行提取和高通量測(cè)序,分析樣本環(huán)境中所有微生物基因組信息。宏基因組測(cè)序解讀微生物群體的多樣性與豐度信息,分析微生物群體基因組及功能,也探求微生物與環(huán)境、微生物與宿主之間的關(guān)系,發(fā)掘和研究新的功能基因。生物信息分析內(nèi)容1.測(cè)序質(zhì)量分析與統(tǒng)計(jì)、評(píng)估;2.數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì);3.物種豐度分析;4.功能基因注釋;5.基因功能豐度差異分析;6.Pathway富集分析;7.豐度差異基因/物種聚類分析;8.PCA分析。高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)核酸進(jìn)行測(cè)序是非特異的,因此,對(duì)一無(wú)所知的核酸也可以實(shí)現(xiàn)鑒別。宏病毒組分析上哪找

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宏基因組是指特定環(huán)境中全部微生物遺傳物質(zhì)的總和。宏基因組測(cè)序以特定環(huán)境中的整個(gè)微生物群落作為研究的對(duì)象,不需對(duì)微生物進(jìn)行分離培養(yǎng),而是提取環(huán)境微生物總DNA進(jìn)行研究。其擺脫了傳統(tǒng)研究中微生物分離培養(yǎng)的技術(shù)限制,在基因組水平解讀微生物群體的多樣性和豐度,探索微生物與環(huán)境及宿主之間的關(guān)系。目前,第二代高通量測(cè)序技術(shù)在宏基因組的研究上已被普遍應(yīng)用。第二代高通量測(cè)序平臺(tái)具有通量高、準(zhǔn)確性高、速度快、信息全等特點(diǎn),加快了宏基因組測(cè)序在鑒定低豐度的微生物群落,挖掘更多基因資源方面的應(yīng)用。安徽口腔微生物多樣性測(cè)序公司起初應(yīng)用于微生物檢測(cè)的分子生物學(xué)技術(shù)是基因探針方法。

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病毒宏基因組測(cè)序:可直接對(duì)樣本中的核酸進(jìn)行高通量測(cè)序,鑒定樣本中可能存在的病原菌,輔助臨床決策。覆蓋細(xì)菌、病毒、寄生蟲、衣原體、立克次氏體、螺旋體等13396種微生物;同時(shí)進(jìn)行耐藥基因檢測(cè),涵蓋266種耐藥菌,2984種抗性基因。宏基因組測(cè)序在新發(fā)腹瀉病毒鑒定中的應(yīng)用:發(fā)現(xiàn)和鑒定新病毒以及確定新病毒與疾病的關(guān)系是預(yù)防、診斷和新發(fā)病毒性傳染病的首要任務(wù)。高通量測(cè)序技術(shù)突破了傳統(tǒng)技術(shù)方法的局限,可以直接以標(biāo)本中所有的遺傳物質(zhì)為研究對(duì)象,從而能夠快速地鑒定出標(biāo)本中存在的病毒,形成了一門研究特定環(huán)境中病毒群落的新興學(xué)科:病毒宏基因組學(xué)(宏病毒組)。

病毒是地球上數(shù)量多的生物實(shí)體,其中細(xì)菌病毒(即噬菌體)約有1031個(gè)類群,從海洋到陸地再到人體幾乎都是它們的棲息地。研究者將病毒視為調(diào)節(jié)人類生態(tài)系統(tǒng)的重要成員,人體內(nèi)主要包括真核病毒和噬菌體,包括雙鏈DNA(double-strandedDNA,dsDNA),單鏈DNA(single-strandedDNA,ssDNA)和RNA病毒。隨著對(duì)病毒研究的普遍開展,“病毒組”與“病毒組學(xué)”的概念也應(yīng)運(yùn)而生,這些術(shù)語(yǔ)分別涵蓋了棲息在生態(tài)系統(tǒng)中的所有病毒及其基因組和對(duì)它們的研究(LefkowitzEJ,etal,2017)。根據(jù)病毒不同的特征進(jìn)行分類,包括病毒的宿主范圍;病毒的形態(tài)學(xué);病毒的基因組大小;病毒的核酸組成成分以及病毒的致病性。雖然所有的性狀在病毒分類學(xué)的確定中都很重要,但目前利用平均核苷酸同源性(ANI)和系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系進(jìn)行序列比較被視為定義和區(qū)分病毒群類的主要標(biāo)準(zhǔn)。在探普生物進(jìn)行病毒基因組測(cè)序的流程是怎么樣的?

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狀病毒的發(fā)現(xiàn),病原宏基因組測(cè)序功不可沒:對(duì)一種新病毒進(jìn)行鑒定和檢測(cè),其中非常關(guān)鍵的步驟就是獲得病毒的全基因組信息。在此次監(jiān)測(cè)和防控中,病原宏基因組測(cè)序發(fā)揮了至關(guān)重要的作用,利用其技術(shù)優(yōu)勢(shì),研究人員在五天內(nèi)就鑒定并分析出的基因組,而2003年SARS的鑒定耗時(shí)5月余、2013年H7N9的鑒定耗時(shí)1月余。2019-nCoV為線性單鏈RNA(ssRNA)病毒,基因組全長(zhǎng)包含29903個(gè)核苷酸,10個(gè)基因。病毒基因組序列為進(jìn)一步分析其傳染機(jī)理,傳播途徑,藥物靶點(diǎn)等提供了有利的支持??衫貌煌孜锂a(chǎn)生的不同代謝產(chǎn)物來(lái)間接檢測(cè)該微生物內(nèi)酶的有無(wú),從而達(dá)到檢測(cè)特定微生物的目的。廣州微生物多樣性測(cè)序分析上哪找

由于微生物是對(duì)無(wú)菌性的重大威脅,對(duì)環(huán)境微生物的準(zhǔn)確鑒定通常是制藥行業(yè)良好的生產(chǎn)實(shí)踐(GMP)要求。宏病毒組分析上哪找

在傳統(tǒng)的診斷檢測(cè)中,對(duì)病原體的診斷檢測(cè)是通過體外培養(yǎng)的方式進(jìn)行,但是不同微生物的培養(yǎng)條件不一樣;不同的微生物的培養(yǎng)技術(shù)要求也不一樣;同時(shí),體外培養(yǎng)受時(shí)間、空間和培養(yǎng)技術(shù)人員的限制。宏基因組分析技術(shù)是一種新型的病源體診斷檢測(cè)技術(shù),可以在不通過任何培養(yǎng)過程的條件下,通過基因序列的比對(duì),發(fā)現(xiàn)和鑒別罕見病源體引起的疾病,從而針對(duì)性地使用藥物,使病源微生物傳染所形成的疾病的準(zhǔn)確、高效。元基因組(宏基因組)學(xué)研究不要求對(duì)每個(gè)微生物進(jìn)行分離、純化和培養(yǎng),而是直接從樣品中提取基因組DNA后進(jìn)行測(cè)序分析。通過元基因組測(cè)序,能夠揭示微生物群落多樣性、種群結(jié)構(gòu)、進(jìn)化關(guān)系、功能活性及環(huán)境之間的相互協(xié)作關(guān)系,極大地?cái)U(kuò)展了微生物學(xué)的研究范圍。宏病毒組分析上哪找

上海探普生物,2018-10-30正式啟動(dòng),成立了病毒測(cè)序,病毒全基因組測(cè)序,病毒宏基因組測(cè)序,未知病原鑒定等幾大市場(chǎng)布局,應(yīng)對(duì)行業(yè)變化,順應(yīng)市場(chǎng)趨勢(shì)發(fā)展,在創(chuàng)新中尋求突破,進(jìn)而提升探普的市場(chǎng)競(jìng)爭(zhēng)力,把握市場(chǎng)機(jī)遇,推動(dòng)醫(yī)藥健康產(chǎn)業(yè)的進(jìn)步。旗下探普在醫(yī)藥健康行業(yè)擁有一定的地位,品牌價(jià)值持續(xù)增長(zhǎng),有望成為行業(yè)中的佼佼者。我們強(qiáng)化內(nèi)部資源整合與業(yè)務(wù)協(xié)同,致力于病毒測(cè)序,病毒全基因組測(cè)序,病毒宏基因組測(cè)序,未知病原鑒定等實(shí)現(xiàn)一體化,建立了成熟的病毒測(cè)序,病毒全基因組測(cè)序,病毒宏基因組測(cè)序,未知病原鑒定運(yùn)營(yíng)及風(fēng)險(xiǎn)管理體系,累積了豐富的醫(yī)藥健康行業(yè)管理經(jīng)驗(yàn),擁有一大批專業(yè)人才。上海探普生物科技有限公司業(yè)務(wù)范圍涉及從事生物科技專業(yè)領(lǐng)域內(nèi)技術(shù)開發(fā)、技術(shù)轉(zhuǎn)讓、技術(shù)咨詢、技術(shù)服務(wù),化工原料及產(chǎn)品(除危險(xiǎn)化學(xué)品、監(jiān)控化學(xué)品、煙花爆竹、易制毒化學(xué)品),實(shí)驗(yàn)室設(shè)備,計(jì)算機(jī)、軟件及輔助設(shè)備,電子產(chǎn)品銷售,計(jì)算機(jī)軟件開發(fā)及維護(hù),計(jì)算機(jī)信息系統(tǒng)集成服務(wù)等。等多個(gè)環(huán)節(jié),在國(guó)內(nèi)醫(yī)藥健康行業(yè)擁有綜合優(yōu)勢(shì)。在病毒測(cè)序,病毒全基因組測(cè)序,病毒宏基因組測(cè)序,未知病原鑒定等領(lǐng)域完成了眾多可靠項(xiàng)目。