國(guó)內(nèi)全基因組二代測(cè)序方法

在哪些應(yīng)用場(chǎng)景需要對(duì)病毒的全基因組進(jìn)行測(cè)序？在探普生物長(zhǎng)時(shí)間運(yùn)行過(guò)程中，我們接觸到的對(duì)病毒的全基因組進(jìn)行測(cè)序項(xiàng)目有比較豐富的應(yīng)用場(chǎng)景。先，從事基因進(jìn)化/疫苗/藥品/抗體研制方向的研究的研究者一定會(huì)用到測(cè)序。這種場(chǎng)景一般是用密集的sanger測(cè)序監(jiān)測(cè)某幾個(gè)關(guān)鍵基因，搭載一定頻率的全基因組測(cè)序。這樣的組合省時(shí)省力省經(jīng)費(fèi)，同時(shí)能達(dá)到研究目的。此外，有的單位需要對(duì)傳染病的病原進(jìn)行流行病學(xué)監(jiān)測(cè)和研究，如疾控/疫控中心、醫(yī)院的傳染病科室以及一些高校和研究所的相應(yīng)課題組，可能需要對(duì)病毒的全基因組進(jìn)行測(cè)序以后，結(jié)合其他上下游的研究數(shù)據(jù)，達(dá)到研究或者監(jiān)測(cè)疫病的目的。高通量測(cè)序技術(shù)是對(duì)傳統(tǒng)測(cè)序一次性的改變。國(guó)內(nèi)全基因組二代測(cè)序方法

深度測(cè)序技術(shù)對(duì)科學(xué)研究范式相關(guān)影響：個(gè)性化醫(yī)學(xué)、P4醫(yī)學(xué)和準(zhǔn)確醫(yī)學(xué)等研究范式都是在近幾年深度測(cè)序技術(shù)迅猛發(fā)展的基礎(chǔ)上提出的。個(gè)人基因組測(cè)定的可行性，使得大眾有可能測(cè)定和分析自己的基因組、尋找到個(gè)人健康相關(guān)的基因風(fēng)險(xiǎn)因素，從而可以在生活習(xí)慣、飲食等方面提早進(jìn)行個(gè)性化預(yù)測(cè)和預(yù)防。由于互聯(lián)網(wǎng)的發(fā)展和即時(shí)檢驗(yàn)技術(shù)（point-of-care-testing，POCT）的應(yīng)用，人們可以通過(guò)網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行交流和參與到整個(gè)診療過(guò)程，這便是P4醫(yī)學(xué)的概念：預(yù)測(cè)性（predictive）、預(yù)防性（preventive）、個(gè)性化（personalized）及參與性（participatory）。北京高通量測(cè)序分析服務(wù)探普生物進(jìn)行了大量有針對(duì)性的研發(fā)和測(cè)試，開(kāi)發(fā)了全套的實(shí)驗(yàn)和分析流程用于對(duì)病毒的全基因組進(jìn)行測(cè)序。

全基因組測(cè)序是對(duì)未知基因組序列的物種進(jìn)行個(gè)體的基因組測(cè)序。全基因組預(yù)測(cè)的意義揭示了人類生、老、病和死的奧秘，使人類從根本上認(rèn)知疾病發(fā)生的原因，做到正確的調(diào)整疾病和盡早的預(yù)防疾病。每個(gè)人從開(kāi)始就繼承了父母的DNA遺傳信息，并且攜帶一生，不易改變。全基因組測(cè)序通過(guò)運(yùn)用新一代高通量DNA測(cè)序儀，進(jìn)行10到20倍覆蓋率的個(gè)人全基因組測(cè)序，然后與人類基因組精確圖譜比較，得到完整的個(gè)人全基因組序列，破譯個(gè)人全部的遺傳信息的過(guò)程。全基因組測(cè)序覆蓋面廣，能檢測(cè)個(gè)體基因組中的全部遺傳信息，準(zhǔn)確性高。

在探普生物長(zhǎng)時(shí)間運(yùn)行過(guò)程中，我們接觸到的對(duì)病毒的全基因組進(jìn)行測(cè)序項(xiàng)目有比較豐富的應(yīng)用場(chǎng)景。先，從事基因進(jìn)化/疫苗/藥品/抗體研制方向的研究的研究者一定會(huì)用到測(cè)序。這種場(chǎng)景一般是用密集的sanger測(cè)序監(jiān)測(cè)某幾個(gè)關(guān)鍵基因，搭載一定頻率的全基因組測(cè)序。這樣的組合省時(shí)省力省經(jīng)費(fèi)，同時(shí)能達(dá)到研究目的。此外，有的單位需要對(duì)傳染病的病原進(jìn)行流行病學(xué)監(jiān)測(cè)和研究，如疾控/疫控中心、醫(yī)院的傳染病科室以及一些高校和研究所的相應(yīng)課題組，可能需要對(duì)病毒的全基因組進(jìn)行測(cè)序以后，結(jié)合其他上下游的研究數(shù)據(jù)，達(dá)到研究或者監(jiān)測(cè)疫病的目的。病毒全基因組測(cè)序具有的特點(diǎn)：完善的售后服務(wù)。

深度測(cè)序技術(shù)稱為深度測(cè)序（deepsequencing），是因?yàn)樗菍?duì)傳統(tǒng)測(cè)序技術(shù)的一次性改變，它通過(guò)一次性對(duì)幾十萬(wàn)到幾百萬(wàn)條DNA分子進(jìn)行序列測(cè)定（之前只是幾十至多幾千個(gè)堿基），同時(shí)，如此的高通量測(cè)序使得對(duì)一個(gè)物種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進(jìn)行細(xì)致全方面的分析成為可能。你以為深度測(cè)序只是一種“養(yǎng)”在實(shí)驗(yàn)室“深閨”中摸不著、看不透的高精尖技術(shù)？錯(cuò)！錯(cuò)！錯(cuò)！深度測(cè)序技術(shù)的巨大發(fā)展，與計(jì)算機(jī)的發(fā)展歷程有著類似之處，它將對(duì)人類的科學(xué)、經(jīng)濟(jì)和社會(huì)三個(gè)方面產(chǎn)生深遠(yuǎn)的影響。病毒株往往都需要獲得盡量完整的基因組序列來(lái)指導(dǎo)下一步的研究。國(guó)內(nèi)全基因組二代測(cè)序方法

病毒基因組測(cè)序是疾病診斷、流行病學(xué)調(diào)查和宿主-病原關(guān)系研究的重要手段。國(guó)內(nèi)全基因組二代測(cè)序方法

一直以來(lái)，病毒基因組測(cè)序都是疾病診斷、流行病學(xué)調(diào)查和宿主-病原關(guān)系研究的重要手段。病毒的全基因組測(cè)序以及對(duì)應(yīng)的生物信息學(xué)分析方法是研究病毒進(jìn)化、毒力因子變異、疫病爆發(fā)之間的關(guān)系、疫病傳播途徑、不同遺傳變異的分布模式、疫病發(fā)生地理區(qū)域的基礎(chǔ)。與傳統(tǒng)Sanger測(cè)序相比，NGS技術(shù)的發(fā)展使得一個(gè)小的研究小組可以擁有大量病毒株的全基因組序列，測(cè)序成本也在逐步降低。由于NGS產(chǎn)生的數(shù)據(jù)量非常龐大，其序列拼接難度也隨之增加。而且對(duì)于低濃度高復(fù)雜度的樣本，研究者除了PCR外別無(wú)他法。而PCR方法往往具有偏好性，丟失的片段將為序列組裝帶來(lái)非常高的失敗率。對(duì)于完全未知的樣本，無(wú)法通過(guò)PCR進(jìn)行富集，要鑒定其種類需要調(diào)用各種方法，逐個(gè)嘗試工作量之大，其效率之低，使得一個(gè)新的研究方法的出現(xiàn)及其必要。國(guó)內(nèi)全基因組二代測(cè)序方法

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