武漢高通量測序分析方法

來源: 發(fā)布時(shí)間:2022-09-24

在探普生物長時(shí)間運(yùn)行過程中,我們接觸到的對病毒的全基因組進(jìn)行測序項(xiàng)目有比較豐富的應(yīng)用場景。先,從事基因進(jìn)化/疫苗/藥品/抗體研制方向的研究的研究者一定會用到測序。這種場景一般是用密集的sanger測序監(jiān)測某幾個關(guān)鍵基因,搭載一定頻率的全基因組測序。這樣的組合省時(shí)省力省經(jīng)費(fèi),同時(shí)能達(dá)到研究目的。此外,有的單位需要對傳染病的病原進(jìn)行流行病學(xué)監(jiān)測和研究,如疾控/疫控中心、醫(yī)院的傳染病科室以及一些高校和研究所的相應(yīng)課題組,可能需要對病毒的全基因組進(jìn)行測序以后,結(jié)合其他上下游的研究數(shù)據(jù),達(dá)到研究或者監(jiān)測疫病的目的。通過對病毒全基因組高通量測序可以在較短時(shí)間內(nèi)獲取病毒的全部基因信息,解釋病毒的來源。武漢高通量測序分析方法

深度測序技術(shù)稱為深度測序(deepsequencing),是因?yàn)樗菍鹘y(tǒng)測序技術(shù)的一次性改變,它通過一次性對幾十萬到幾百萬條DNA分子進(jìn)行序列測定(之前只是幾十至多幾千個堿基),同時(shí),如此的高通量測序使得對一個物種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進(jìn)行細(xì)致全方面的分析成為可能。你以為深度測序只是一種“養(yǎng)”在實(shí)驗(yàn)室“深閨”中摸不著、看不透的高精尖技術(shù)?錯!錯!錯!深度測序技術(shù)的巨大發(fā)展,與計(jì)算機(jī)的發(fā)展歷程有著類似之處,它將對人類的科學(xué)、經(jīng)濟(jì)和社會三個方面產(chǎn)生深遠(yuǎn)的影響。武漢高通量測序分析方法全基因組預(yù)測的意義揭示了人類生、老、病和死的奧秘。

為了便于新發(fā)或罕見病毒性傳染病的篩查檢測,利用多重置換擴(kuò)增技術(shù),以負(fù)鏈RNA病毒—發(fā)熱伴血小板減少綜合征病毒和正鏈RNA病毒—登革病毒為模擬樣本探索臨床樣本中RNA病毒基因組非特異性擴(kuò)增方法。研究中通過梯度稀釋的RNA病毒模擬樣本中可能存在的不同豐度的病原體,樣本核酸依次加工成單鏈cDNA,雙鏈cDNA,T4DNA連接酶處理后的雙鏈cDNA以及添加外源輔助RNA后合成并連接的雙鏈cDNA形式,然后進(jìn)行Phi29DNA聚合酶等溫?cái)U(kuò)增,使用熒光定量PCR方法比較各種方法對RNA病毒核酸擴(kuò)增的影響。

深度測序技術(shù)之所以稱為深度測序(deepsequencing),是因?yàn)樗菍鹘y(tǒng)測序技術(shù)的一次性改變,它通過一次性對幾十萬到幾百萬條DNA分子進(jìn)行序列測定(之前只是幾十至多幾千個堿基),同時(shí),如此的高通量測序使得對一個物種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進(jìn)行細(xì)致全方面的分析成為可能。你以為深度測序只是一種“養(yǎng)”在實(shí)驗(yàn)室“深閨”中摸不著、看不透的高精尖技術(shù)?錯!錯!錯!深度測序技術(shù)的巨大發(fā)展,與計(jì)算機(jī)的發(fā)展歷程有著類似之處,它將對人類的科學(xué)、經(jīng)濟(jì)和社會三個方面產(chǎn)生深遠(yuǎn)的影響。新一代測序中基因從頭測序和重測序有什么區(qū)別?

全基因組測序是對未知基因組序列的物種進(jìn)行個體的基因組測序。全基因組預(yù)測的意義揭示了人類生、老、病和死的奧秘,使人類從根本上認(rèn)知疾病發(fā)生的原因,做到正確的調(diào)整疾病和盡早的預(yù)防疾病。每個人從開始就繼承了父母的DNA遺傳信息,并且攜帶一生,不易改變。全基因組測序通過運(yùn)用新一代高通量DNA測序儀,進(jìn)行10到20倍覆蓋率的個人全基因組測序,然后與人類基因組精確圖譜比較,得到完整的個人全基因組序列,破譯個人全部的遺傳信息的過程。全基因組測序覆蓋面廣,能檢測個體基因組中的全部遺傳信息,準(zhǔn)確性高。病毒全基因組測序產(chǎn)品特點(diǎn):結(jié)果穩(wěn)定可靠。武漢高通量測序分析方法

深度測序技術(shù)促進(jìn)了基因檢測的普及。武漢高通量測序分析方法

病原學(xué)的診斷注意事項(xiàng):病原學(xué)的診斷始終是傳染性疾病診斷的重要一環(huán),二代測序作為病原學(xué)診斷的性技術(shù),也在臨床上不斷的探索、落地,“中國宏基因組學(xué)第二代測序技術(shù)檢測傳染病原體的臨床應(yīng)用**共識”是世界開始針對所有傳染性疾病的宏基因組學(xué)第二代測序技術(shù)臨床應(yīng)用**共識,是中國傳染性疾病臨床**對二代測序技術(shù)的臨床應(yīng)用的規(guī)范與質(zhì)量控制達(dá)成的共識。由于二代測序的成本仍然較高,尚不能作為輕癥傳染性疾病的主要選擇(A,Ⅲ),完成一次二代測序需要數(shù)千元人民幣,與之相比,完成1次血培養(yǎng)約40元人民幣,完成1次16SPCR檢測則需約50元人民幣。武漢高通量測序分析方法

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