國(guó)內(nèi)病毒高通量測(cè)序進(jìn)化分析檢測(cè)

來(lái)源: 發(fā)布時(shí)間:2022-01-29

需要對(duì)病毒的全基因組進(jìn)行測(cè)序的應(yīng)用場(chǎng)景:在探普生物長(zhǎng)時(shí)間運(yùn)行過(guò)程中,我們接觸到的對(duì)病毒的全基因組進(jìn)行測(cè)序項(xiàng)目有比較豐富的應(yīng)用場(chǎng)景。先,從事基因進(jìn)化/疫苗/藥品/抗體研制方向的研究的研究者一定會(huì)用到測(cè)序。這種場(chǎng)景一般是用密集的sanger測(cè)序監(jiān)測(cè)某幾個(gè)關(guān)鍵基因,搭載一定頻率的全基因組測(cè)序。這樣的組合省時(shí)省力省經(jīng)費(fèi),同時(shí)能達(dá)到研究目的。此外,有的單位需要對(duì)傳染病的病原進(jìn)行流行病學(xué)監(jiān)測(cè)和研究,如疾控/疫控中心、醫(yī)院的傳染病科室以及一些高校和研究所的相應(yīng)課題組,可能需要對(duì)病毒的全基因組進(jìn)行測(cè)序以后,結(jié)合其他上下游的研究數(shù)據(jù),達(dá)到研究或者監(jiān)測(cè)疫病的目的。病毒全基因組測(cè)序具有的特點(diǎn):采用高通量測(cè)序儀,全流程質(zhì)控。國(guó)內(nèi)病毒高通量測(cè)序進(jìn)化分析檢測(cè)

病毒全基因組測(cè)序、高通量測(cè)序技術(shù)的發(fā)展在生物信息學(xué)分析方面,通過(guò)新的分析軟件的研發(fā)和原有分析軟件的升級(jí),對(duì)測(cè)序所得數(shù)據(jù)的分析也變得更加可靠;除此之外,伴隨著B(niǎo)asSpace等服務(wù)的出現(xiàn),進(jìn)行數(shù)據(jù)分析工作所需的設(shè)備成本也在逐步降低。將來(lái),伴隨著高通量測(cè)序技術(shù)與數(shù)據(jù)分析技術(shù)的不斷進(jìn)步,測(cè)序精度與可靠性的上升,測(cè)序與數(shù)據(jù)分析成本的下降,高通量測(cè)序技術(shù)會(huì)在各個(gè)領(lǐng)域得到應(yīng)用。在病原微生物檢測(cè)和鑒定應(yīng)用中,高通量測(cè)序技術(shù)勢(shì)必會(huì)成為不可或缺的技術(shù)并發(fā)揮越來(lái)越重要的作用。高通量測(cè)序?qū)嶒?yàn)足夠靈敏和完善,方能獲得準(zhǔn)確、可信任的結(jié)果。DNA病毒序列價(jià)格全基因組測(cè)序可以檢測(cè)個(gè)體基因組中的全部遺傳信息,準(zhǔn)確性高。

病毒全基因組測(cè)序具有的特點(diǎn):1.不預(yù)設(shè)目標(biāo)檢出物,樣本的所有病原信息一網(wǎng)打盡;2.無(wú)需培養(yǎng)和特異性擴(kuò)增,對(duì)采集臨床樣本直接檢測(cè);3.獨(dú)有的一定定量技術(shù),實(shí)現(xiàn)病原定量分析,使病原診斷更準(zhǔn)確;4.與臨床各領(lǐng)域有名**共同打造呼吸道系統(tǒng)、神經(jīng)內(nèi)科系統(tǒng)和血流系統(tǒng)傳染病原數(shù)據(jù)庫(kù),更加貼合需求;5.采用高通量測(cè)序儀,全流程質(zhì)控,結(jié)果穩(wěn)定可靠;6.整體檢出率陽(yáng)性率較傳統(tǒng)方法提升25~30%:肺泡灌洗液檢出率60~80%,腦脊液檢出率40~60%,血液檢出率40~60%;7.專業(yè)化服務(wù):臨床微生物**出具報(bào)告,專業(yè)醫(yī)學(xué)團(tuán)隊(duì)報(bào)告解讀。針對(duì)疑難報(bào)告,由**進(jìn)行深度解析;8.完善的售后服務(wù):基于PCR技術(shù)和抗原抗體技術(shù)的售后驗(yàn)證平臺(tái),致力于解決臨床的每一個(gè)疑問(wèn)。

病毒基因組測(cè)序是疾病診斷、流行病學(xué)調(diào)查和宿主-病原關(guān)系研究的重要手段。病毒的全基因組測(cè)序以及對(duì)應(yīng)的生物信息學(xué)分析方法是研究病毒進(jìn)化、毒力因子變異、疫病爆發(fā)之間的關(guān)系、疫病傳播途徑、不同遺傳變異的分布模式、疫病發(fā)生地理區(qū)域的基礎(chǔ)。與傳統(tǒng)Sanger測(cè)序相比,NGS技術(shù)的發(fā)展使得一個(gè)小的研究小組可以擁有大量病毒株的全基因組序列,測(cè)序成本也在逐步降低。由于NGS產(chǎn)生的數(shù)據(jù)量非常龐大,其序列拼接難度也隨之增加。而且對(duì)于低濃度高復(fù)雜度的樣本,研究者除了PCR外別無(wú)他法。而PCR方法往往具有偏好性,丟失的片段將為序列組裝帶來(lái)非常高的失敗率。對(duì)于完全未知的樣本,無(wú)法通過(guò)PCR進(jìn)行富集,要鑒定其種類需要調(diào)用各種方法,逐個(gè)嘗試,工作量之大,其效率之低,使得一個(gè)新的研究方法的出現(xiàn)及其必要。全基因組測(cè)序覆蓋面廣。

第二代測(cè)序技術(shù)的應(yīng)用:第二代測(cè)序技術(shù)(NGS)因其快速和靈敏的檢測(cè)特點(diǎn)已成為植物病毒學(xué)研究的強(qiáng)有力工具,這一技術(shù)具有非序列依賴性的優(yōu)勢(shì),能同時(shí)檢測(cè)植物樣品中可培養(yǎng)和不可培養(yǎng)的、含量高及含量低的所有的DNA病毒、RNA病毒以及類病毒,它的出現(xiàn)極大地變革和推進(jìn)了病毒的發(fā)現(xiàn)歷程,近期來(lái)自浙江大學(xué)生物技術(shù)研究所等處的研究人員圍繞NGS及其在植物病毒發(fā)掘中的應(yīng)用研究和前景進(jìn)行概述和展望。對(duì)分離培養(yǎng)和臨床標(biāo)本的病毒核酸的測(cè)序?qū)嶒?yàn)及分析流程?;跓o(wú)差別的樣本處理方式和獨(dú)特的生物信息學(xué)分析流程,除了對(duì)于被宿主核酸污染的病原微生物/病毒核酸樣本進(jìn)行全基因組和宏基因組測(cè)序之外,未知病原也在探普特有的流程下可以得以鑒別。病毒全基因組測(cè)序具有的特點(diǎn):專業(yè)化服務(wù)。RNA深度測(cè)序突變分析價(jià)格

病毒株都需要獲得盡量完整的基因組序列來(lái)指導(dǎo)下一步的研究。國(guó)內(nèi)病毒高通量測(cè)序進(jìn)化分析檢測(cè)

發(fā)現(xiàn)病例的要盡快對(duì)病毒進(jìn)行全基因組測(cè)序的原因是:通過(guò)對(duì)病毒全基因組高通量測(cè)序可以在較短時(shí)間內(nèi)獲取病毒的全部基因信息,解釋病毒的來(lái)源、傳播、變異演化等科學(xué)問(wèn)題,為后續(xù)流行病學(xué)調(diào)查指明方向,為相關(guān)病例的追蹤溯源提供重要依據(jù),目前對(duì)病毒溯源分型主要檢測(cè)手段就是高通量測(cè)序技術(shù)。高通量測(cè)序技術(shù)如何進(jìn)行病毒溯源?先對(duì)獲得的早期病例標(biāo)本開(kāi)展病毒全基因組高通量序列測(cè)定,通過(guò)與本地流行病毒及全球其他地區(qū)測(cè)定過(guò)序列的病毒比較,如果該病例傳染的病毒在基因組上和北美流行株更接近,比如在全長(zhǎng)接近3萬(wàn)個(gè)堿基的序列上,兩者只相差幾個(gè)堿基,相似度為99%以上,這就是為我們推斷該病例攜帶病毒為北美流行株提供依據(jù)。國(guó)內(nèi)病毒高通量測(cè)序進(jìn)化分析檢測(cè)

上海探普生物科技有限公司總部位于放鶴路1088號(hào)6號(hào)樓307,是一家從事生物科技專業(yè)領(lǐng)域內(nèi)技術(shù)開(kāi)發(fā)、技術(shù)轉(zhuǎn)讓、技術(shù)咨詢、技術(shù)服務(wù),化工原料及產(chǎn)品(除危險(xiǎn)化學(xué)品、監(jiān)控化學(xué)品、煙花爆竹、易制毒化學(xué)品),實(shí)驗(yàn)室設(shè)備,計(jì)算機(jī)、軟件及輔助設(shè)備,電子產(chǎn)品銷售,計(jì)算機(jī)軟件開(kāi)發(fā)及維護(hù),計(jì)算機(jī)信息系統(tǒng)集成服務(wù)等。的公司。公司自創(chuàng)立以來(lái),投身于病毒測(cè)序,病毒全基因組測(cè)序,病毒宏基因組測(cè)序,未知病原鑒定,是醫(yī)藥健康的主力軍。上海探普生物繼續(xù)堅(jiān)定不移地走高質(zhì)量發(fā)展道路,既要實(shí)現(xiàn)基本面穩(wěn)定增長(zhǎng),又要聚焦關(guān)鍵領(lǐng)域,實(shí)現(xiàn)轉(zhuǎn)型再突破。上海探普生物始終關(guān)注醫(yī)藥健康市場(chǎng),以敏銳的市場(chǎng)洞察力,實(shí)現(xiàn)與客戶的成長(zhǎng)共贏。