PCR實(shí)驗(yàn)技術(shù)中的反向PCR(InversePCR)介紹:反向PCR起初設(shè)計(jì)用于確定臨近未知區(qū)域的序列。反向PCR有助于研究一個(gè)基因的啟動(dòng)子序列;致*染色體重排如基因融合、異位或轉(zhuǎn)移;及病毒基因的整合。之所以稱為反向PCR,是因?yàn)橐镌O(shè)計(jì)用于向兩邊延伸而不像常規(guī)PCR中朝著彼此延伸。如今,反向PCR常用于定點(diǎn)突變,復(fù)制一個(gè)具有預(yù)期突變的目的質(zhì)粒。在研究基因組DNA未知序列的傳統(tǒng)實(shí)驗(yàn)流程中,限制性內(nèi)切酶消化和連接先于反向PCR,接著對(duì)PCR擴(kuò)增子進(jìn)行測序。對(duì)于gDNA消化,需選擇一種限制性內(nèi)切酶進(jìn)行酶切以獲得合適長度可自連的片段。同時(shí),所選擇的內(nèi)切酶不應(yīng)該切割已知序列,所以連接發(fā)生于側(cè)翼的未知序列之間。使用低濃度的酶切DNA的片段以助于片段自連而非多個(gè)片段連接。片段自連完成后,通過反向PCR擴(kuò)增DNA的位置區(qū)域。獲得的擴(kuò)增子兩端包含一部分已知序列。之后通過測序以鑒定臨近已知序列的未知區(qū)域。一步法熒光定量pcr在哪做?海南組織pcr技術(shù)
PCR實(shí)驗(yàn)技術(shù)中的錨定PCR(AnchoredPCR)介紹:錨定PCR主要用于分析具有可變末端的DNA序列,Loh等用A-PCR對(duì)人外周血淋巴細(xì)胞T細(xì)胞受體α-鏈的mRNA的多變性進(jìn)行了分析。先合成cDNA,并用末端脫氧核苷酸轉(zhuǎn)移酶在其3’-可變區(qū)末端加上一個(gè)PolyG尾巴。Loh等恒定區(qū)與可變區(qū)連接部位設(shè)一個(gè)引物,另一個(gè)引物是一個(gè)具5’-polyG尾巴的引物。帶有PolyG尾巴的引物是一個(gè)固定點(diǎn),它可以并與PolyG尾巴結(jié)合,無論其余部分序列如何,只識(shí)別片段末端,利用此法可從前述mRNA中檢出至少20種不同序列,每一種都是獨(dú)特的,表明A-PCR不對(duì)任何特殊序列有傾向性結(jié)果,可用于T細(xì)胞及其它部位抗體基因的研究。福建pcr擴(kuò)增英瀚斯分子生物學(xué)檢測平臺(tái),信得過的pcr檢測。
PCR實(shí)驗(yàn)過程一般分為三步:DNA變性:(90℃-96℃):雙鏈DNA模板在熱作用下,氫鍵斷裂,形成單鏈DNA退火:(60℃-65℃):系統(tǒng)溫度降低,引物與DNA模板結(jié)合,形成局部雙鏈。延伸:(70℃-75℃):在Taq酶(在72℃左右,活性比較好)的作用下,以dNTP為原料,從引物的3′端開始以從5′→3′端的方向延伸,合成與模板互補(bǔ)的DNA鏈。每一循環(huán)經(jīng)過變性、退火和延伸,DNA含量即增加一倍。如圖所示:現(xiàn)在有些PCR因?yàn)閿U(kuò)增區(qū)很短,即使Taq酶活性不是比較好也能在很短的時(shí)間內(nèi)復(fù)制完成,因此可以改為兩步法,即退火和延伸同時(shí)在60℃-65℃間進(jìn)行,以減少一次升降溫過程,提高了反應(yīng)速度
PCR實(shí)驗(yàn)技術(shù)中的高GC含量PCR(GC-richPCR)介紹:具有高GC含量(>65%)的模板由于G和C堿基間的強(qiáng)氫鍵影響,比較難以擴(kuò)增。高GC含量序列同時(shí)也涉及二級(jí)結(jié)構(gòu)。因此,高GC含量序列可使DNA聚合酶在擴(kuò)增時(shí)卡住,從而影響了DNA的合成。為了擴(kuò)增高GC含量片段,雙鏈模板必須分離,以便引物結(jié)合及DNA聚合酶讀取序列。為了克服強(qiáng)GC相互作用,較常用的方法是依靠PCR添加劑或共溶劑來幫助DNA變性(圖6A),如DMSO。這些試劑通常會(huì)降低引物的Tm,所以退火溫度也需做相應(yīng)的調(diào)整。高合成能力的DNA聚合酶由于其與模板的強(qiáng)結(jié)合能力,有助于高GC含量模板的PCR擴(kuò)增(圖6B)。高熱穩(wěn)定性DNA聚合酶也有益于高GC含量PCR擴(kuò)增,因?yàn)楦叩淖冃詼囟龋ㄈ?8℃代替95℃)可促進(jìn)解鏈和PCR擴(kuò)增。熒光定量pcr正常值多少?
PCR的假陽性主要原因之一引物設(shè)計(jì)不合適:選擇的擴(kuò)增序列與非目的擴(kuò)增序列有同源性,因而在進(jìn)行PCR擴(kuò)增時(shí),擴(kuò)增出的PCR產(chǎn)物為非目的性的序列。靶序列太短或引物太短,容易出現(xiàn)假陽性。需重新設(shè)計(jì)引物。靶序列或擴(kuò)增產(chǎn)物的交叉污染:這種污染有兩種原因:一是整個(gè)基因組或大片段的交叉污染,導(dǎo)致假陽性。這種假陽性可用以下方法解決:操作時(shí)應(yīng)小心輕柔,防止將靶序列吸入加樣器內(nèi)或?yàn)R出離心管外。除酶及不能耐高溫的物質(zhì)外,所有試劑或器材均應(yīng)高壓消毒。所用離心管及樣進(jìn)器頭等均應(yīng)一次性使用。必要時(shí),在加標(biāo)本前,反應(yīng)管和試劑用紫外線照射,以破壞存在的核酸。二是空氣中的小片段核酸污染,這些小片段比靶序列短,但有一定的同源性。可互相拼接,與引物互補(bǔ)后,可擴(kuò)增出PCR產(chǎn)物,而導(dǎo)致假陽性的產(chǎn)生,可用巢式PCR方法來減輕或消除。實(shí)時(shí)熒光定量PCR是什么原理?安徽推薦pcr怎么樣
pcr檢測實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)如何分析?海南組織pcr技術(shù)
PCR出現(xiàn)假陽性的原因分析。引物設(shè)計(jì)不合適:選擇的擴(kuò)增序列與非目的擴(kuò)增序列有同源性,因而在進(jìn)行PCR擴(kuò)增時(shí),擴(kuò)增出的PCR產(chǎn)物為非目的性的序列。靶序列太短或引物太短,容易出現(xiàn)假陽性。需重新設(shè)計(jì)引物。靶序列或擴(kuò)增產(chǎn)物的交叉污染:這種污染有兩種原因:一是整個(gè)基因組或大片段的交叉污染,導(dǎo)致假陽性。這種假陽性可用以下方法解決:①操作時(shí)應(yīng)小心輕柔,防止將靶序列吸入加樣器內(nèi)或?yàn)R出離心管外。②除了酶及其他不耐高溫的物質(zhì)外,所有試劑或器材均應(yīng)高壓消毒。所用離心管均應(yīng)一次性使用。③必要時(shí),在加標(biāo)本前,反應(yīng)管和試劑用紫外線照射,以破壞存在的核酸。二是空氣中的小片段核酸污染,這些小片段比靶序列短,但有一定的同源性。可互相拼接,與引物互補(bǔ)后,可擴(kuò)增出PCR產(chǎn)物,而導(dǎo)致假陽性的產(chǎn)生,可用巢式PCR方法來減輕或消除。海南組織pcr技術(shù)
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