但目前來看，工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖技術和系統(tǒng)的推廣還存在以下問題：是基礎建設成本高，投入大?，F(xiàn)在采用循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)的企業(yè)大多數(shù)為具有一定規(guī)模，技術力量和實力較為雄厚的養(yǎng)殖企業(yè)，而對大部分小本經營的養(yǎng)殖戶（單位）來說是可望而不可即，這也使循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)和技術的大范圍推廣受到了制約。部分工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)由于設計存在問題或其他一些人為原因，運行不充分或運行效率較低，影響了工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的總體水平，節(jié)水節(jié)能技術路線有待進一步探討、完善。
我國工廠養(yǎng)殖目前受水處理成本的壓力，仍主要以流水養(yǎng)殖、半封閉循環(huán)水養(yǎng)殖為主，真正意義上的全封閉循環(huán)水養(yǎng)殖企業(yè)較少。流水養(yǎng)殖和半封閉養(yǎng)殖方式產量低（單位水體產量10—15千克/米2·年）、耗能大、效率低，與先進國家技術密集型的循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)相比，在系統(tǒng)的循環(huán)水率、系統(tǒng)輔助水體的比率等關鍵性能方面基本接近國際水平，在設備、工藝、產量（先進技術的產量達100千克/米2·年以上）和效益等方面，以及生物凈化系統(tǒng)的構建、凈化效率和穩(wěn)定性、系統(tǒng)集成度、系統(tǒng)穩(wěn)定性等方面仍存在著一定的差距。
循環(huán)水養(yǎng)殖技術是否成熟，我用幾個數(shù)字來回答。一個是循環(huán)水養(yǎng)殖的理念在國外早在20世紀50年代就有人提出，開始應用于生產是在70年代，而早在80年代就由一批學者引入中國并進行嘗試。彼時由于配套硬件設施的落后以及用電成本過高的原因無法持續(xù)。進入2000年以后，伴隨著一系列設備的國產化以及電費成本的下降，循環(huán)水養(yǎng)殖逐漸在各地遍地開花。產業(yè)需求推動著技術進步，而技術的完善反過來又刺激了產業(yè)升級。