項目投產(chǎn)前，首先需要決定養(yǎng)殖品種：因為底息類的魚池設(shè)計有區(qū)別，同時還需要對生物習性了解清楚：喜歡靜水，還是喜歡頂水；適宜水溫等等條件，不一而足。再了解了生物習性后，工廠化循環(huán)水養(yǎng)魚成功與否取決于以下幾個主要條件：溶氧量、水質(zhì)、水溫，如果是海魚的話還有鹽度。副條件還有：ph、硬度、鹽度(淡水魚)、光照等。買魚苗后先進行觀察篩選（15天以上），把那些狀態(tài)不好的，比如明顯有寄生蟲、殘疾等不適合的剔除了，省的以后麻煩。在觀察期間還會死魚，除了體質(zhì)問題外，還有一個因素是水體各元素含量不同導致的。
但目前來看，工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖技術(shù)和系統(tǒng)的推廣還存在以下問題：是基礎(chǔ)建設(shè)成本高，投入大?，F(xiàn)在采用循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)的企業(yè)大多數(shù)為具有一定規(guī)模，技術(shù)力量和實力較為雄厚的養(yǎng)殖企業(yè)，而對大部分小本經(jīng)營的養(yǎng)殖戶（單位）來說是可望而不可即，這也使循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)和技術(shù)的大范圍推廣受到了制約。部分工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)由于設(shè)計存在問題或其他一些人為原因，運行不充分或運行效率較低，影響了工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的總體水平，節(jié)水節(jié)能技術(shù)路線有待進一步探討、完善。
高密的養(yǎng)殖下，一旦系統(tǒng)崩潰、疾病爆發(fā)或循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)運行的穩(wěn)定性和系統(tǒng)總水量的平衡、生物濾池的維護、過濾設(shè)施的定期清理、合理的投喂策略、適宜的養(yǎng)殖密度以及水質(zhì)的檢測和疾病的預防都是分不開的。因此，循環(huán)水系統(tǒng)的科學有效運行是多學科知識的綜合體現(xiàn)。研究調(diào)查發(fā)現(xiàn)，很多企業(yè)對循環(huán)水養(yǎng)殖的原理、水處理設(shè)施設(shè)備的作用、運行參數(shù)等知之甚少，直接影響到系統(tǒng)的運行管理。較高的進入門檻也進一步加大了循環(huán)水養(yǎng)殖模式的推廣難度。