項目投產(chǎn)前，首先需要決定養(yǎng)殖品種：因為底息類的魚池設(shè)計有區(qū)別，同時還需要對生物習性了解清楚：喜歡靜水，還是喜歡頂水；適宜水溫等等條件，不一而足。再了解了生物習性后，工廠化循環(huán)水養(yǎng)魚成功與否取決于以下幾個主要條件：溶氧量、水質(zhì)、水溫，如果是海魚的話還有鹽度。副條件還有：ph、硬度、鹽度(淡水魚)、光照等。買魚苗后先進行觀察篩選（15天以上），把那些狀態(tài)不好的，比如明顯有寄生蟲、殘疾等不適合的剔除了，省的以后麻煩。在觀察期間還會死魚，除了體質(zhì)問題外，還有一個因素是水體各元素含量不同導致的。
我國是世界上水產(chǎn)養(yǎng)殖規(guī)模大的國家，但由于傳統(tǒng)養(yǎng)殖方式存在的規(guī)范化程度低、養(yǎng)殖模式簡單、水資源浪費大、污染嚴重等問題，導致產(chǎn)能嚴重滯后。近年，由中國水產(chǎn)研究院聯(lián)合相關(guān)科研和推廣部門，對工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)開展了全面研究。我國的南方地區(qū)海岸線長，網(wǎng)箱和土塘養(yǎng)殖發(fā)達，但存在各種魚、蝦苗種供應(yīng)不足和孵化育苗存活率低、臺風等自然災(zāi)害較多、工業(yè)污染水源等問題。
生化模式凈水主要是靠硝化細菌，硝化細菌從無到有這個過程俗稱掛膜。硝化細菌掛膜需要濾材（細菌屋）；硝化細菌屬于好氧細菌，因此需要氧氣；硝化細菌繁殖還需要養(yǎng)分，也就是魚糞。再滿足上訴三個情況下，保持25度水溫，硝化細菌從無到有需要將近35天，15度水溫情況下需要50天或者更久，這個過程叫冷啟動。想快速啟動，可以使用液體硝化細菌，或者添加一些其他已經(jīng)掛膜的濾材進來進行引菌，這個過程叫熱啟動。海水系統(tǒng)應(yīng)為高鹽度的問題，自然掛膜時間比淡水系統(tǒng)要長一倍以上，時間也隨鹽度升高而延長。