但目前來看，工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖技術(shù)和系統(tǒng)的推廣還存在以下問題：是基礎(chǔ)建設(shè)成本高，投入大?，F(xiàn)在采用循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)的企業(yè)大多數(shù)為具有一定規(guī)模，技術(shù)力量和實力較為雄厚的養(yǎng)殖企業(yè)，而對大部分小本經(jīng)營的養(yǎng)殖戶（單位）來說是可望而不可即，這也使循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)和技術(shù)的大范圍推廣受到了制約。部分工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)由于設(shè)計存在問題或其他一些人為原因，運行不充分或運行效率較低，影響了工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的總體水平，節(jié)水節(jié)能技術(shù)路線有待進一步探討、完善。
廣州環(huán)控農(nóng)業(yè)生物科技有限公司針對如何防止水產(chǎn)養(yǎng)殖疾病的滋生做出了長時間研究，經(jīng)過幾年時間的不斷反復(fù)研究，發(fā)現(xiàn)病毒的滋生主要是因為養(yǎng)殖水體質(zhì)量變差惡化造成的，很多的病毒在養(yǎng)殖水體質(zhì)量差的環(huán)境中會顯得異?；钴S。同時廣州環(huán)控經(jīng)過幾年時間的研究發(fā)現(xiàn)，水產(chǎn)養(yǎng)殖戶們所做的防護措施根本是治標不治本的，可能短時間內(nèi)有效，因為他們根本沒有一整套完整的系統(tǒng)去維持水體環(huán)境質(zhì)量。
次氯酸該氧化劑對魚具有很強的穿透殺傷力，它使魚體分泌的粘液失去了對魚的保護作用，導(dǎo)致其體內(nèi)電解質(zhì)代謝嚴重失調(diào)，并在缺氧的狀態(tài)下窒息死亡，所以，用沒有經(jīng)過處理的自來水直接養(yǎng)魚是不恰當?shù)?。由于一些家庭會養(yǎng)殖一些觀賞魚，換水時自會用到自來水，在這里建議大家先把要換的自來水置放一段時間，因為氯在水中溶解度極小，極易揮發(fā)，將自來水沉淀或放置24小時，或在陽光下暴曬后再將魚放入水中，冬天自來水盡量放置2至3天再用。