但目前來看，工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖技術(shù)和系統(tǒng)的推廣還存在以下問題：是基礎(chǔ)建設(shè)成本高，投入大?，F(xiàn)在采用循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)的企業(yè)大多數(shù)為具有一定規(guī)模，技術(shù)力量和實力較為雄厚的養(yǎng)殖企業(yè)，而對大部分小本經(jīng)營的養(yǎng)殖戶（單位）來說是可望而不可即，這也使循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)和技術(shù)的大范圍推廣受到了制約。部分工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)由于設(shè)計存在問題或其他一些人為原因，運行不充分或運行效率較低，影響了工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的總體水平，節(jié)水節(jié)能技術(shù)路線有待進一步探討、完善。
目前我國平均每立方米的產(chǎn)量為7.4 公斤（淡水為8.2公斤、海水為6.4公斤），全國范圍循環(huán)水養(yǎng)殖發(fā)展力不足的特征仍較明顯。目前工廠化養(yǎng)殖的方式大體上分為流水養(yǎng)殖、半封閉循環(huán)水養(yǎng)殖和全封閉循環(huán)水養(yǎng)殖等三種形式。受水處理成本的壓力，仍主要以流水養(yǎng)殖、半封閉循環(huán)水養(yǎng)殖為主，真正意義上的全工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖工廠比例極少。我國工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖發(fā)展中存在的問題，主要還是受限于經(jīng)濟實力、產(chǎn)品市場、養(yǎng)殖品種、養(yǎng)殖規(guī)模、經(jīng)濟效益比等因素，主觀上還受限于養(yǎng)殖者對養(yǎng)殖技術(shù)的掌握和對先進技術(shù)的利用。
眾所周知水產(chǎn)養(yǎng)殖*重要的是養(yǎng)殖水的質(zhì)量，著水產(chǎn)養(yǎng)殖水平的提高，大量餌料、肥料、漁藥等物質(zhì)投入，帶來大量有機廢物沉積或溶解于養(yǎng)殖水體中，導致有毒有害物質(zhì)增加和溶解氧供求矛盾激化，造成養(yǎng)殖水質(zhì)量不斷惡化，這種現(xiàn)象我們稱之為“死水”。很多外塘養(yǎng)殖都會出現(xiàn)這樣的情況，導致水產(chǎn)品的養(yǎng)殖密度低下，達不到社會需要的價值較高的安全水產(chǎn)品。