循環(huán)水系統(tǒng)處理的對象一般是含有大量固體懸浮物或溶解性的物質，這些物質排入到養(yǎng)殖水中后會在細菌的作用下，分解成氨、硫化氫等對水生動物有毒的物質。因此，一時間將這些污染物截留并盡可能地將這些污染物變廢為寶，是循環(huán)水處理系統(tǒng)的功能所在。循環(huán)水處理系統(tǒng)首先包括機械過濾部分。這些設備會將水中的固體懸浮物在一時間過濾出來。經常用到的設備是蛋白質分離器、微濾機、精密過濾器等設備。其次，循環(huán)水處理系統(tǒng)還有生化過濾設備。這些設備是為了培養(yǎng)相應的微生物來對水中溶解性物質進行分解分離的。
在水產養(yǎng)殖行業(yè)中，疾病一直是水產養(yǎng)殖戶所*忌憚的情況，養(yǎng)殖產品一旦感染病毒將會造成嚴重的損失，如果感染的是病毒性的疾病，造成的后果是很多養(yǎng)殖戶不能夠承受的。所以水產養(yǎng)殖戶們會花費大量的人力物力去做預防疾病滋生的措施，但是結果卻不怎么理想，收效甚微，各種各樣的病毒層出不窮。
水體的鹽度和硬度都能達到飽和進而析出，所以必須在系統(tǒng)內部放置植物?？梢栽谒w內放置水葫蘆、空心菜、浮萍等，也可以在硝化池種蔬菜比如西紅柿樹、地瓜樹、西瓜、土豆，矮化的果樹也是可以的。在水池內放置水葫蘆則需要注意不能被魚吃掉了。這樣植物還會遮光，避免魚被日光照射，同時還能收獲大量蔬菜和魚食。整個系統(tǒng)是需要日光的，一來是植物光合作用消耗肥水無機鹽，再就是給水體加溫，應盡可能的加大日光采集。